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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e6c | ||||||
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タイトル | K15M MUTANT OF SHIKIMATE KINASE FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI | ||||||
![]() | SHIKIMATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MUTANT SHIKIMATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / ADP / SHIKIMATE PATHWAY / P-LOOP PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() shikimate kinase / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maclean, J. / Krell, T. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and X-Ray Crystallographic Studies on Shikimate Kinase: The Important Structural Role of the P-Loop Lysine 著者: Krell, T. / Maclean, J. / Boam, D.J. / Cooper, A. / Resmini, M. / Brocklehurst, K. / Kelly, S.M. / Price, N.C. / Lapthorn, A.J. / Coggins, J.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Shikimate Kinase 著者: Krell, T. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1shkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.50176, 0.00043, -0.86501), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18993.812 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AROL / プラスミド: PTB361SK / 遺伝子 (発現宿主): AROL / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 224分子 








#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION LYS15MET ENZYME REACTION: ATP + SHIKIMATE = ADP + SHIKIMATE 3- ...CHAIN A, B ENGINEERED |
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配列の詳細 | REFERENCE: THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN MINTON N.P., WHITEHEAD P.J., ATKINSON T., GILBERT H.J. ...REFERENCE: THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN MINTON N.P., WHITEHEAD P.J., ATKINSON T., GILBERT H.J. NUCLEIC ACIDS RES. 17:1769-1769(1989). |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 10% PEG8000, 100MM TRIS/HCL BUFFER PH 8.0, 2.5MM ADP, 2.5MM SHIKIMATE, 10MM MGCL2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→21.4 Å / Num. obs: 27407 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 19.073 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 69.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 164162 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 69 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SHK 解像度: 1.8→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16471 / ESU R Free: 0.14659 詳細: HYDROGEN ATOM CONTRIBUTION AND EXTERNAL BULK SOLVENT CORRECTION WERE APPLIED AS FPART . THE SPACE GROUP ASSIGNMENT WAS EXTREMELY CLOSE BETWEEN P21 AND C2221. IT WAS DECIDED TO PROCEED WITH ...詳細: HYDROGEN ATOM CONTRIBUTION AND EXTERNAL BULK SOLVENT CORRECTION WERE APPLIED AS FPART . THE SPACE GROUP ASSIGNMENT WAS EXTREMELY CLOSE BETWEEN P21 AND C2221. IT WAS DECIDED TO PROCEED WITH P21 AND USE STRICT NCS RESTRAINTS BETWEEN MONOMERS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |