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万見
- PDB-1e6a: Fluoride-inhibited substrate complex of Saccharomyces cerevisiae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6a
タイトルFluoride-inhibited substrate complex of Saccharomyces cerevisiae inorganic pyrophosphatase
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードPHOSPHORYL TRANSFER / HYDROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / : / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.-K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2001
タイトル: Toward a quantum-mechanical description of metal-assisted phosphoryl transfer in pyrophosphatase.
著者: Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A.
履歴
登録2000年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年12月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,49317
ポリマ－64,4512
非ポリマー1,04215
水11,674648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.770, 102.340, 115.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8028, 0.5963, 0.0028), (0.5963, -0.8028, 0.0009), (0.0028, 0.0009, -1)
ベクター: 33.8508, -101.9184, -89.2511)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INORGANIC PYROPHOSPHATASE / PPASE


分子量: 32225.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: PPA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL2-BLUEB / 参照: UniProt: P00817, inorganic diphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 663分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細REACTION CARRIED OUT IN PRESENCE OF DIVALENT METAL CATION PYROPHOSPHATE + H(2)O = 2 ORTHOPHOSPHATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19 MICROLITER SITTING DROPS 16-20% MPD, 30 MM MES, PH 6.0, 1 MM MNCL2, 0.5 MM NA2P2O7H2, 5 MM NAF,10 MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mMMes1drop
21 mM1dropMnCl2
35 mM1dropNaF
41 mMNaPPi1drop
516 %MPD1drop
618-20 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.0039
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 53366 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 1.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.247 / % possible all: 92.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
HKLデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 231011.94 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: REFINEMENT STARTED USING X-PLOR VERSION 3.851, CONTINUED BY CNS 0.4 AND FINISHED BY CNS 05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 3711 4.2 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.155 87817 85.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.344 Å2 / ksol: 0.514096 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----1.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4475 0 39 648 5162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 473 3.9 %
Rwork0.179 11514 -
obs--69.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMTOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMPOP_XPLOR
X-RAY DIFFRACTION4POP_XPLORTOPPO4.PR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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