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万見
- PDB-1e69: SMC head domain from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+69
タイトルSMC head domain from Thermotoga maritima
要素CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
キーワードCHROMOSOME SEGREGATION / SMC / STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOMES / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lowe, J. / Cordell, S.C. / van den Ent, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Smc Head Domain: An Abc ATPase with 900 Residues Antiparallel Coiled-Coil Inserted
著者: Lowe, J. / Cordell, S.C. / van den Ent, F.
履歴
登録2000年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
B: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
C: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
D: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
E: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN
F: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,3526
ポリマ－215,3526
非ポリマー00
水00
1
A: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8921
ポリマ－35,8921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.000, 49.190, 233.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.07994, -0.88803, -0.45278), (0.50426, -0.42785, 0.75011), (-0.85985, -0.16836, 0.482)29.02715, 45.15533, 64.92871
2given(-0.00407, 0.54245, -0.84008), (-0.85334, 0.43986, -0.27989), (-0.52134, 0.71573, 0.46468)-43.35989, 89.12164, 66.444
3given(0.99797, 0.01748, 0.06128), (-0.01336, 0.99767, -0.06692), (-0.0623, 0.06596, 0.99588)-76.75986, 28.27685, 115.01768
4given(-0.12248, -0.86395, -0.48846), (0.5623, -0.46596, 0.68316), (-0.81781, -0.19099, 0.54287)44.61278, 69.35014, 182.20685
5given(0.03757, 0.50866, -0.86015), (-0.87666, -0.39637, -0.27269), (-0.47964, 0.7643, 0.43103)-117.83833, 108.36778, 183.293
詳細THE FUSION OF THE N- AND C- TERMINAL DOMAINS. SO FORTHIS CONSTRUCT THE BIOLOGICAL UNIT IS MONOMER

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要素

#1: タンパク質
CHROMOSOME SEGREGATION SMC PROTEIN


分子量: 35891.992 Da / 分子数: 6
断片: SMC FUSION OF THE N- AND C-TERMINAL GLOBULAR DOMAINS RESIDUES 1-152 AND 1023-1164
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOSOL / プラスミド: PHIS17 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9X0R4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
30.1 Msodium citrate1reservoir
40.1 Mammonium sulfate1reservoir
522 %PEG60001reservoir
60.013 mMurea1reservoir
2reservoir solution1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93, 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.931
20.981
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 45940 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS1位相決定
SnB位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→100 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2561 5 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 51643 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.367 Å20 Å2-25.303 Å2
2---12.378 Å20 Å2
3---13.746 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12396 0 0 0 12396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.395
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8532.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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