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- PDB-1e5p: Crystal structure of aphrodisin, a sex pheromone from female hamster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5p
タイトルCrystal structure of aphrodisin, a sex pheromone from female hamster
要素APHRODISIN
キーワードLIPOCALIN / PHEROMONE / HAMSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Vincent, F. / Brown, K. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of aphrodisin, a sex pheromone from female hamster.
著者: Vincent, F. / Lobel, D. / Brown, K. / Spinelli, S. / Grote, P. / Breer, H. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
履歴
登録2000年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年9月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / struct_conn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APHRODISIN
B: APHRODISIN
C: APHRODISIN
D: APHRODISIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5564
ポリマ－69,5564
非ポリマー00
水12,665703
1
A: APHRODISIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3891
ポリマ－17,3891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: APHRODISIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3891
ポリマ－17,3891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: APHRODISIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3891
ポリマ－17,3891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: APHRODISIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3891
ポリマ－17,3891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 48.920, 123.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99583, -0.03603, 0.08386), (0.00504, 0.93907, 0.34368), (-0.09113, -0.34182, 0.93534)-2.18702, 10.94148, -14.25162
2given(-0.98626, 0.16046, 0.03936), (0.16233, 0.89681, 0.41155), (0.03074, 0.41229, -0.91053)-51.32672, -11.73474, 70.58553
3given(-0.99779, 0.03586, -0.05595), (0.03319, 0.9983, 0.04786), (0.05757, 0.04589, -0.99729)-43.31905, 22.33536, 61.29768

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要素

#1: タンパク質
APHRODISIN


分子量: 17389.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 遺伝子: MESOCRICETUS AURATUS APHRODISIN GENE / 器官: VAGIN / プラスミド: PQE31 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM
遺伝子 (発現宿主): MESOCRICETUS AURATUS APHRODISIN GENE
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834DE3 / 参照: UniProt: P09465
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: APHRODISIN, SECRETED IN HAMSTER VAGINAL DISCHARGE, IT FUNCTIONS AS AN APHRODISIAC ...FUNCTION: APHRODISIN, SECRETED IN HAMSTER VAGINAL DISCHARGE, IT FUNCTIONS AS AN APHRODISIAC PHEROMONE, RELIABLY ELICITING COPULATORY BEHAVIOR FROM MALE HAMSTER. SIMILARITY: BELONGS TO THE LIPOCALIN FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.8
詳細: PEG 8K 28%, 150MM AS, 10MM NACL PH 3.8, [P]=2.65MG/NL
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
128 %PEG80001reservoir
2150 mMammonium sulfate1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoirpH3.8
42.65 mg/mlprotein1drop
52.5 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978, 0.9795, 0.9324, 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.97951
30.93241
40.9331
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 89441 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1A3Y

1a3y


解像度: 1.63→15 Å / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.098
詳細: SEVERAL RESIDUES ARE IN ALTERNATE CONFORMATION, AND ARE PRECEEDED BY A AND B LIKE AMET, BMET. THE PROTEIN USED TO SOLVE THE STRUCTURE HAS BEEN SELENIATED SO THE METHIONINES IN THE PDB FILE ...詳細: SEVERAL RESIDUES ARE IN ALTERNATE CONFORMATION, AND ARE PRECEEDED BY A AND B LIKE AMET, BMET. THE PROTEIN USED TO SOLVE THE STRUCTURE HAS BEEN SELENIATED SO THE METHIONINES IN THE PDB FILE ARE SELENOMETHIONIES (MSE) SOME OCCUPANCIES HAVE BEEN SET TO 0 OR LESS THAN 1 BECAUSE OF LACK OF DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2202 2.5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 88875 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4753 0 0 703 5456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8292
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.5352.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.8533
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.964.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2520.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1220.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.92
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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