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- PDB-1e5j: ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHAERENS IN THE TETRAGONAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5j
タイトルENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHAERENS IN THE TETRAGONAL CRYSTAL FORM IN COMPLEX WITH METHYL-4II-S-ALPHA-CELLOBIOSYL-4II-THIO-BETA-CELLOBIOSIDE
要素ENDOGLUCANASE 5A
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSHYDROLASE FAMILY 5
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fort, S. / Varrot, A. / Schulein, M. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2001
タイトル: Mixed-Linkage Cellooligosaccharides: A New Class of Glycoside Hydrolase Inhibitors
著者: Fort, S. / Varrot, A. / Schulein, M. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Davies, G.J.
履歴
登録2000年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0296
ポリマ－34,1561
非ポリマー8735
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.520, 74.520, 136.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE 5A / CELLULASE / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE / ALKALINE CELLULASE / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE 5A


分子量: 34156.180 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 27-331 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
株: AC13 / プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOT / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: O85465, cellulase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 712.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC][a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-3/a4-b1_b4-c1*S*_c4-d1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][a-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: ENDOHYDROLYSIS OF 1,4-BETA-D-GLUCOSIDIC LINKAGES IN CELLULOSE. SIMILARITY: ...CATALYTIC ACTIVITY: ENDOHYDROLYSIS OF 1,4-BETA-D-GLUCOSIDIC LINKAGES IN CELLULOSE. SIMILARITY: BELONGS TO CELLULASE FAMILY A (FAMILY 5 OF GLYCOSYL HYDROLASES).
配列の詳細THE 26 FIRST RESIDUES ARE CLEAVED IN ORDER TO GET THE MATURE PROTEIN. THE REAL NUMBERING BEGINS AT ...THE 26 FIRST RESIDUES ARE CLEAVED IN ORDER TO GET THE MATURE PROTEIN. THE REAL NUMBERING BEGINS AT RESIDUE 27 WHICH IS 1 IN THIS ENTRY. THE FIRST 3 RESIDUES OF THE CORE ARE TOO DISORDERED TO BE SEEN IN THE DENSITY MAP. THE CORE DOMAIN CORRESPONDS TO RESIDUES 1-305.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN (20MGML-1) WAS CRYSTALLISED FROM 28% PEG400 AS PRECIPITANT, 100MM HEPES AT PH 7.0 AS BUFFER AND 200 MM CACL2. THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH THE 1MM OF SUBSTRATE FOR AN HOUR PRIOR TO COCRYSTALLISATIOM
結晶化
*PLUS
温度: 100 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Varrot, A., (2000) J.Mol.Biol., 279, 819.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
228 %PEG4001reservoir
3100 mMtriethanolamine1reservoir
4200 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月13日 / 詳細: LONG MIRRORS (MSC)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. obs: 32666 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / 冗長度: 3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.85→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1676 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 31361 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 50 328 2766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.5
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.3453
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.9655
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3314
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.2466
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1260.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2480.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor27.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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