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- PDB-1e5g: Solution structure of central CP module pair of a pox virus compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5g
タイトルSolution structure of central CP module pair of a pox virus complement inhibitor
要素COMPLEMENT CONTROL PROTEIN C3
キーワードCOMPLEMENT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / complement binding / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Complement control protein C3/B5 / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement control protein C3
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Henderson, C.E. / Bromek, K. / Mullin, N.P. / Smith, B.O. / Uhrin, D. / Barlow, P.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution Structure and Dynamics of the Central Ccp Module Pair of a Poxvirus Complement Control Protein
著者: Henderson, C.E. / Bromek, K. / Mullin, N.P. / Smith, B.O. / Uhrin, D. / Barlow, P.N.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT CONTROL PROTEIN C3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7841
ポリマ－12,7841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / -
代表モデルモデル #37

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT CONTROL PROTEIN C3 / SP35 / 28 KDA PROTEIN / SECRETORY PROTEIN 35 / PROTEIN C3 / VCP


分子量: 12783.905 Da / 分子数: 1 / 断片: MODULES 2 AND 3 RESIDUES 84-203 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
株: COPENHAGEN / 遺伝子: C21L / プラスミド: PPICZALPHAA WITHOUT HISTIDINE DEFICIENCY / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: P68639
構成要素の詳細FUNCTION: SERVES TO PROTECT THE VIRUS AGAINST COMPLEMENT ATTACK BY INHIBITING BOTH CLASSICAL AND ...FUNCTION: SERVES TO PROTECT THE VIRUS AGAINST COMPLEMENT ATTACK BY INHIBITING BOTH CLASSICAL AND ALTERNATIVE PATHWAYS OF COMPLEMENT ACTIVATION. BINDS C3B AND C4B. SIMILARITY: BELONGS TO THE SUPERFAMILY OF THE REGULATORS OF COMPLEMENT ACTIVATION (RCA). SIMILARITY: CONTAINS 4 SUSHI (SCR) REPEATS.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121COSY
131TOCSY
1413D HSQC NOESY
151TOCSY
NMR実験の詳細Text: 15N-LABELLED VCP MODULES 2 AND 3 WAS USED TO OBTAIN HSQC NOESY AND TOCSY EXPERIMENTS TO ASSIGN THE BACKBONE ATOMS. 2D EXPERIMENTS WERE THEN USED IN CONJUNCTION WITH THE 3D TECHNIQUES TO ASSIGN ...Text: 15N-LABELLED VCP MODULES 2 AND 3 WAS USED TO OBTAIN HSQC NOESY AND TOCSY EXPERIMENTS TO ASSIGN THE BACKBONE ATOMS. 2D EXPERIMENTS WERE THEN USED IN CONJUNCTION WITH THE 3D TECHNIQUES TO ASSIGN THE SIDE CHAIN ATOMS AND THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING UNAMBIGUOUS AND AMBIGUOUS RESTRAINTS

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試料調製

試料状態pH: 6.0 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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