PDB-1e4r: Solution structure of the mouse defensin mBD-8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1e4r

タイトル

Solution structure of the mouse defensin mBD-8

要素

Beta-defensin 8

キーワード

DEFENSIN / MOUSE

機能・相同性

Beta defensin type / Beta defensin / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Beta-defensin 8

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Bauer, F. / Schweimer, K. / Kluver, E. / Adermann, K. / Forssmann, W.G. / Roesch, P. / Sticht, H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Structure determination of human and murine beta-defensins reveals structural conservation in the absence of significant sequence similarity.
著者: Bauer, F. / Schweimer, K. / Kluver, E. / Conejo-Garcia, J.R. / Forssmann, W.G. / Rosch, P. / Adermann, K. / Sticht, H.

履歴

登録	2000年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_sheet.number_strands

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1e4r.cif.gz	210.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1e4r.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1e4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e4qC 1e4sC 1e4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zmm-2 1klr-d 2meo-d 2koz-d 2kp0-d 4e86-2 2nlb-1 1erd-d 6q5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-defensin 8

3.85 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 60	LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	Beta-defensin 8 / mBD-8 / Defensin / beta 8 / Defensin-related peptide / Defr1 分子量: 3849.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91V82
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

-
試料調製

試料状態	pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	400	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	BRUNGER	精密化
NDEE			構造決定
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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