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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e3p | ||||||
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タイトル | tungstate derivative of Streptomyces antibioticus PNPase/GPSI enzyme | ||||||
要素 | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase | ||||||
キーワード | POLYRIBONUCLEOTIDE TRANSFERASE / ATP-GTP DIPHOSPHOTRANSFERASE RNA PROCESSING / RNA DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces antibioticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Symmons, M.F. / Jones, G.H. / Luisi, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: A Duplicated Fold is the Structural Basis for Polynucleotide Phosphorylase Catalytic Activity, Processivity, and Regulation 著者: Symmons, M.F. / Jones, G.H. / Luisi, B.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e3p.cif.gz | 143.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e3p.ent.gz | 108 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e3p_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e3p_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e3p_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e3p_validation.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e3p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ENZYME IS TRIMER IN SOLUTION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81225.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: BIFUNCTIONAL ENZYME POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYL TRANSFERASE, ATP-GTP DIPHOSPHOTRANSFERASE 由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア) 解説: BIFUNCTIONAL ENZYME ISOLATED / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: pnp, AFM16_28085 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1S9NJJ0, UniProt: Q53597*PLUS, polyribonucleotide nucleotidyltransferase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-WO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ARG A 31, SEQUENCING AMBIGUITY ILE A 156, SEQUENCING AMBIGUITY ILE A 210, SEQUENCING AMBIGUITY PHE ...ARG A 31, SEQUENCING | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % 解説: SELENOMETHIONINES WERE REPLACED WITH METHIONINES FOR MOLECULAR REPLACEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 100MM TRISHCL PH8.5, 100MM BISTRISHCL PH6.5, 60MM NACL, 4MM MGCL2, 5MM DTT, 50MM NA2W04, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MSC / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 37642 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 92.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 462572 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1E3H 解像度: 2.5→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 5669653.7 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: REFINEMENT TARGET (MLF) INCLUDED ANOMALOUS DATA POOR DENSITY FOR RESIDUES 604 - 614 AND 623 - 634 WAS INTERPRETED FROM STRUCTURE OF HOMOLOGOUS DOMAIN PDB 1VIH. POOR DENSITY FOR RESIDUES 656 - ...詳細: REFINEMENT TARGET (MLF) INCLUDED ANOMALOUS DATA POOR DENSITY FOR RESIDUES 604 - 614 AND 623 - 634 WAS INTERPRETED FROM STRUCTURE OF HOMOLOGOUS DOMAIN PDB 1VIH. POOR DENSITY FOR RESIDUES 656 - 661, 663 - 671, 675 - 679, AND 699 - 717 WAS INTERPRETED FROM STRUCTURE OF HOMOLOGOUS DOMAIN PDB 1SRO. MODEL HERE IS POLYALA (EXCEPT GLY AND PRO WHERE EXPECTED FROM SEQUENCE) WITH B-FACTOR SET TO 100.00 AND SUBJECT TO POSITIONAL REFINEMENT ONLY. AFTER POSITIONAL REFINEMENT RMSD CA ATOMS WERE 1.4 A (OVER 28 EQUIVALENT ATOMS) AND 1.6 (OVER 39 EQUIVALENT ATOMS) FOR 1VIH AND 1SRO HOMOLOGOUS DOMAINS RESPECTIVELY. THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN ELECTRON DENSITY MAP
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0576 Å2 / ksol: 0.339268 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9A / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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