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万見
- PDB-1e29: PSII associated cytochrome C549 from Synechocystis sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+29
タイトルPSII associated cytochrome C549 from Synechocystis sp.
要素CYTOCHROME C549
キーワードELECTRON TRANSPORT / PSII ASSOCIATED CYTOCHROME / CYTOCHROME / LOW POTENTIAL / BIS_HISTIDINYL / PSII MODULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Photosystem II extrinsic protein V
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCYSTIS SP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Frazao, C. / Enguita, F.J. / Coelho, R. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Low-Potential Cytochrome C549 from Synechocystis Sp. Pcc 6803 at 1.21A Resolution
著者: Frazao, C. / Enguita, F.J. / Coelho, R. / Sheldrick, G.M. / Navarro, J.A. / Hervas, M. / De La Rosa, M.A. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2000年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C549
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8735
ポリマ－15,1351
非ポリマー7394
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.220, 86.860, 97.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

21A-354-

HOH

31A-479-

HOH

41A-481-

HOH

51A-523-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C549


分子量: 15134.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNECHOCYSTIS SP (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 参照: UniProt: Q55013
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
解説: LOCALIZATION OF FE ATOM BY PATTERSON ANALYSIS OF SUPER- SHARPENED NATIVE OR ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS, FOLLOWED BY FE- ANCHORED ROTATION SEARCH OF CYS-GLY-GLY-CYS-HIS+HEME FRAGMENT AND ...解説: LOCALIZATION OF FE ATOM BY PATTERSON ANALYSIS OF SUPER- SHARPENED NATIVE OR ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS, FOLLOWED BY FE- ANCHORED ROTATION SEARCH OF CYS-GLY-GLY-CYS-HIS+HEME FRAGMENT AND EXPANSION OF THIS SEED FRAGMENT TO FINAL SOLUTION
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROP, VAPOUR DIFFUSION, 16% PEG 8000, O.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M TRIS/HCL, PH = 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 %PEG80001drop
20.2 Mcalcium acetate1drop
30.1 MTris-HCl1drop
430 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8374
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月15日
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→97.7 Å / Num. obs: 42933 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.21→97.7 Å / Num. parameters: 12079 / Num. restraintsaints: 14469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: HEME TARGET VALUES FROM CYTOCHROME C6, STRUCTURE 3(1995)1159-1169
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 2158 5 %RANDOM
all0.1528 42953 --
obs0.1486 -94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 1051 / Occupancy sum non hydrogen: 1329.93
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→97.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1065 0 46 223 1334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0283
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.115
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.1486
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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