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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e1t | ||||||
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タイトル | LYSYL-TRNA SYNTHETASE (LYSU) HEXAGONAL FORM COMPLEXED WITH THE LYSYL_ADENYLATE INTERMEDIATE | ||||||
要素 | LYSYL-TRNA SYNTHETASE, HEAT INDUCIBLE | ||||||
キーワード | LIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA capping / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ligase activity / cellular response to heat / nucleic acid binding / tRNA binding / magnesium ion binding ...RNA capping / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ligase activity / cellular response to heat / nucleic acid binding / tRNA binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Desogus, G. / Todone, F. / Brick, P. / Onesti, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Active Site of Lysyl-tRNA Synthetase: Structural Studies of the Adenylation Reaction 著者: Desogus, G. / Todone, F. / Brick, P. / Onesti, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e1t.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e1t.ent.gz | 91.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e1t_validation.pdf.gz | 704.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e1t_full_validation.pdf.gz | 710.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e1t_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e1t_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/1e1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/1e1t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57767.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: LYSU / プラスミド: PXLYS5 / 遺伝子 (発現宿主): LYSU / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 参照: UniProt: P0A8N6, UniProt: P0A8N5*PLUS, lysine-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 5種, 348分子
#2: 化合物 | ChemComp-LAD / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-POP / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | WHEN CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF LYSINE WERE SOAKED OVERNIGHT IN A SOLUTION CONTAINING ATP ...WHEN CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF LYSINE WERE SOAKED OVERNIGHT IN A SOLUTION CONTAINING |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % 解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY DIFFERENCE FOURIER METHODS USING PHASES FROM 1E1O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 12 MG/ML IN THE PRESENCE OF 5MM LYSINE AND WAS CRYSTALLISED FROM 0.1 M PIPES PH 6.8, 0.5 M LICL, 20% PEG 4K, 17% GLYCEROL; THEN, A SMALL AMOUNT OF A SOLUTION ...詳細: THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 12 MG/ML IN THE PRESENCE OF 5MM LYSINE AND WAS CRYSTALLISED FROM 0.1 M PIPES PH 6.8, 0.5 M LICL, 20% PEG 4K, 17% GLYCEROL; THEN, A SMALL AMOUNT OF A SOLUTION CONTAINING ATP AND MGCL2 WAS ADDED TO THE DROP TO GET A FINAL CONCENTRATION OF ABOUT 5 MM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 41908 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 94.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 334798 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E1O 解像度: 2.4→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: WHEN CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF LYSINE WERE SOAKED OVERNIGHT IN A SOLUTION CONTAINING ATP AND MG2+, THE ELECTRON DENSITY IN THE ACTIVE SITE CLEARLY SHOWED THAT THE FIRST STEP OF THE ...詳細: WHEN CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF LYSINE WERE SOAKED OVERNIGHT IN A SOLUTION CONTAINING ATP AND MG2+, THE ELECTRON DENSITY IN THE ACTIVE SITE CLEARLY SHOWED THAT THE FIRST STEP OF THE REACTION HAD OCCURRED WITHIN THE CRYSTAL WITH THE FORMATION OF THE LYSYL-ADENYLATE INTERMEDIATE. AN ADDITIONAL ELECTRON DENSITY PEAK COULD BE MODELLED AS A PARTIALLY OCCUPIED PYROPHOSPHATE MOLECULE. THE ASSIGNMENT OF THE ELECTRON DENSITY PEAKS AS MG2+ IONS IS BASED ON THE POSITIONS OBSERVED FOR METAL IONS WHEN THE ELECTRON- DENSE MN2+ IONS WERE USED.
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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