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- PDB-1e12: Halorhodopsin, a light-driven chloride pump -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1000000000000
タイトルHalorhodopsin, a light-driven chloride pump
要素HALORHODOPSIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION PUMP / CHLORIDE PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PALMITATE / HALOARCHAEA / CHLORIDE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PALMITIC ACID / RETINAL / Halorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Kolbe, M. / Oesterhelt, D.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of Light-Driven Chloride Pump Halorhodopsin at 1.8 A Resolution
著者: Kolbe, M. / Besir, H. / Essen, L.-O. / Oesterhelt, D.
#1: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Structure and Mechanism of the Family of Retinal Proteins from Halophilic Archaea
著者: Oesterhelt, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Three-Dimensional Structure of Halorhodopsin at 7 Angstrom Resolution
著者: Havelka, W. / Henderson, R. / Oesterhelt, D.
履歴
登録2000年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22016年2月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,12715
ポリマ－26,9471
非ポリマー4,18114
水1,72996
1
A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,38245
ポリマ－80,8403
非ポリマー12,54242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-135.6 kcal/mol
Surface area46150 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.300, 67.300, 209.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2019-

HOH

21A-2035-

HOH

31A-2086-

HOH

詳細IN THE CRYSTALS, HR ASSEMBLES SIMILARLY TO HOMOTRIMERS AS BACTERIORHODOPSIN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HALORHODOPSIN / HR


分子量: 26946.617 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然
詳細: H. SAL. STRAIN D2 WAS CONSTRUCTED FOR HOMOLOGOUS OVEREXPRESSION OF HR. SEE ALSO HEYMANN ET AL., MOL. MICROBIOL., VO. 7, 623-630 (1993).
由来: (天然) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 細胞内の位置: MEMBRANE / 株: D2 / 参照: UniProt: P0DMH7

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非ポリマー , 6種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION VAL229ALA
Has protein modificationY
配列の詳細ALA A 229, MUTATION IN D2 STRAIN VERIFIED BY DIDEOXY-SEQUENCING C-TERMINUS NOT DEFINED IN ELECTRON ...ALA A 229, MUTATION IN D2 STRAIN VERIFIED BY DIDEOXY-SEQUENCING C-TERMINUS NOT DEFINED IN ELECTRON DENSITY FROM A263 - D274. IN THE CRYSTALS, HR ASSEMBLES SIMILARLY TO HOMOTRIMERS AS BACTERIORHODOPSIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: CRYSTALLIZED IN A CUBIC LIPID PHASE MADE OF 58-62 W/V % 1-MONOOLEIN, 4 M KCL, 3.3-4.0 MG/ML HR AND 50 MM TRIS/HCL, PH 7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 26590 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 92.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BRR

1brr


解像度: 1.8→25 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: LIPID PATCH BETWEEN HR TRIMERS MODELLED WITH 1-MONOOLEIN MOLECULES. NOTE THAT THESE OLC MOLECULES ARE MOSTLY ONLY PARTIALLY DEFINED BY ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1617 6 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 26513 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.897 Å2 / ksol: 0.332776 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.578 Å2-0.275 Å20 Å2
2---3.578 Å20 Å2
3---7.156 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 280 96 2169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018721
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77549
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.082.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Total num. of bins used: 32 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 33
Rwork0.336 723
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1HR_DEPOSIT_PARAM.PROHR_DEPOSIT_TOP.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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