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- PDB-1dzn: Asp170Ser mutant of vanillyl-alcohol oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dzn
タイトルAsp170Ser mutant of vanillyl-alcohol oxidase
要素VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
キーワードFLAVIN-DEPENDENT OXIDASE ENZYME / FLAVIN-DEPENDENT OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / methanol metabolic process / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Van Den heuvel, R.H.H. / Fraaije, M.W. / Van Berkel, W.J.H. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Asp170 is Crucial for the Redox Properties of Vanillyl-Alcohol Oxidase
著者: Van Den Heuvel, R.H.H. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A. / Van Berkel, W.J.H.
履歴
登録2000年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7416
ポリマ－125,8422
非ポリマー1,9004
水1,11762
1
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,96524
ポリマ－503,3678
非ポリマー7,59816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area47970 Å2
ΔGint-415.3 kcal/mol
Surface area163240 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.330, 131.330, 134.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.234677, -0.972073), (-0.972073, -0.234677), (-1) / ベクター: 113.863, 144.784, 112.135)

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要素

#1: タンパク質 VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE / VAO


分子量: 62920.934 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LINK BETWEEN HIS422 AND FLAVIN RING / 由来: (組換発現) PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM (菌類) / 細胞内の位置: PEROXISOME / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P56216, vanillyl-alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EUG / 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol / Isoeugenol / trans-イソオイゲノ-ル


分子量: 164.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION ASP170SER
Has protein modificationY
配列の詳細AT FEW PLACES THE SEQUENCE IS IN CONFLICT WITH THE RELATED ENTRY (1VAO) AS DESCRIBED IN SEQADV

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
350 mMsodium acetate/hydrochloride1reservoir
45 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 16730 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.838 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Num. measured all: 23315
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.323

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QLT

1qlt


解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2913 503 4 %RANDOM
Rwork0.22686 ---
obs0.22686 16730 83.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8631 0 128 62 8821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.043
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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