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万見
- PDB-1dz1: Mouse HP1 (M31) C terminal (shadow chromo) domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dz1
タイトルMouse HP1 (M31) C terminal (shadow chromo) domain
要素MODIFIER 1 PROTEIN
キーワードCHROMATIN STRUCTURE / CHROMO DOMAIN / HETEROCHROMATIN PROTEIN PROTEIN INTERACTION / DIMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / pericentric heterochromatin / site of DNA damage / spindle / chromosome, telomeric region / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription ...chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / pericentric heterochromatin / site of DNA damage / spindle / chromosome, telomeric region / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Brasher, S.V. / Smith, B.O. / Fogh, R.H. / Nietlispach, D. / Thiru, A. / Nielsen, P.R. / Broadhurst, R.W. / Ball, L.J. / Murzina, N. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: The Structure of Mouse Hp1 Suggests a Unique Mode of Single Peptide Recognition by the Shadow Chromo Domain Dimer
著者: Brasher, S.V. / Smith, B.O. / Fogh, R.H. / Nietlispach, D. / Thiru, A. / Nielsen, P.R. / Broadhurst, R.W. / Ball, L.J. / Murzina, N. / Laue, E.D.
履歴
登録2000年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFIER 1 PROTEIN
B: MODIFIER 1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1522
ポリマ－16,1522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 35LEAST NOE VIOLATION ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MODIFIER 1 PROTEIN / M31 / HP1 BETA / MOMOD1 / HETEROCHROMATIN PROTEIN 1


分子量: 8076.179 Da / 分子数: 2 / 断片: SHADOW CHROMO DOMAIN, RESIDUES 104-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET16B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83917
配列の詳細HIS A 102 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING FROM VECTOR MET A 103 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING ...HIS A 102 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING FROM VECTOR MET A 103 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING FROM VECTOR HIS B 102 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING FROM VECTOR MET B 103 CLONING ARTIFACT MUTATION ARISING FROM VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN. DOUBLE-HALF FILTERED 2D NOESY AND HALF-FILTERED HSQC-NOESY ON A MIXED LABELED/UNLABELED SAMPLE ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN. DOUBLE-HALF FILTERED 2D NOESY AND HALF-FILTERED HSQC-NOESY ON A MIXED LABELED/UNLABELED SAMPLE WERE USED TO DISTINGUISH INTRA- AND INTER-MONOMER NOES. RESIDUES 102-109 AND 171 ARE INSUFFICIENTLY CONSTRAINED BY THE INPUT DATA AND SHOULD BE CONSIDERED OF UNKNOWN STRUCTURE. THUS THE STRUCTURE IS ONLY DEFINED FOR RESIDUES 110 - 170.

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試料調製

詳細内容: 0.6-1.4 MM MOUSE HP1 C-TERMINAL DOMAIN (AS MONOMER), 10 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 10 MM PERDEUTERATED DTT, 0.05% SODIUM AZIDE
試料状態pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS0.9BRUNGER ET AL精密化
Azara構造決定
ANSIG構造決定
CNS構造決定
ARIA構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. STRUCTURE WAS GENERATED FROM EXPERIMENTS CARRIED OUT AT 303-308K WITH PH 7.5-8.0
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST NOE VIOLATION ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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