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- PDB-1dy7: Cytochrome cd1 Nitrite Reductase, CO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dy7
タイトルCytochrome cd1 Nitrite Reductase, CO complex
要素NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / HEME D / HEME C / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sjogren, T. / Svensson-Ek, M. / Hajdu, J. / Brzezinski, P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Proton-Coupled Structural Changes Upon Binding of Carbon Monoxide to Cytochrome Cd(1): A Combined Flash Photolysis and X-Ray Crystallography Study
著者: Sjogren, T. / Svensson-Ek, M. / Hajdu, J. / Brzezinski, P.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Haem-Ligand Switching During Catalysis in Crystals of a Nitrogen-Cycle Enzyme
著者: Williams, P.A. / Fulop, V. / Garman, E.F. / Saunders, N.F. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J.
履歴
登録2000年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年11月27日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRITE REDUCTASE
B: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,75713
ポリマ－125,0932
非ポリマー2,66411
水15,259847
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-94.3 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.940, 61.040, 100.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRITE REDUCTASE / CYTOCHROME CD1 / CYTOCHROME OXIDASE / HYDROXYLAMINE REDUCTASE


分子量: 62546.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORGANISM FORMERLY KNOWN AS THIOSPHAERA PANTOTROPHA / 由来: (天然) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM
参照: UniProt: P72181, nitrite reductase (NO-forming), hydroxylamine reductase

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非ポリマー , 6種, 858分子

#2: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細REFERENCE: THE SEQUENCE IS FROM BAKER S.C., SAUNDERS N.F.W., WILLIS A.C., FERGUSON S.J., FUELOEP V. ...REFERENCE: THE SEQUENCE IS FROM BAKER S.C., SAUNDERS N.F.W., WILLIS A.C., FERGUSON S.J., FUELOEP V., HAJDU J.; J. MOL. BIOL. 269:440-455(1997). THE N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-134) OF CHAIN A IS HIGHLY DISORDERED AND COULD NOT BE MODELLED. RESIDUES 1-31 OF CHAIN B ARE DISORDERED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 20MM SODIUM DITHIONITE. THE CRYSTAL WAS TRANSFERRED TO A SOLUTION CONTAINING 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM ...詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 20MM SODIUM DITHIONITE. THE CRYSTAL WAS TRANSFERRED TO A SOLUTION CONTAINING 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM PHOSPHATE BUFFER PH 7 AND 15 % GLYCEROL. CO WAS INTRODUCED UNDER 15 ATM PRESSURE FOR 20 MINUTES AT -20 DEGREES.
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1211.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.1-1.15 Mammonium sulfate1drop
325 mMpotassium phosphate1drop
42.2-2.3 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30 Å / Num. obs: 148443 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 15.718 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.57→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AOF

1aof


解像度: 1.6→30 Å / SU B: 1.37 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087
詳細: THE N-TERMINAL DOMAIN OF MONOMER A WAS HIGHLY DISORDERED AND WAS NOT MODELLED. IN MONOMER B THE N -TERMINAL RESIDUES B 1 - B 31 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 -5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs-140697 88.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7567 0 178 847 8592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0240.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1010.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2380.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor31.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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