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万見
- PDB-1dxg: CRYSTAL STRUCTURE OF DESULFOREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO GIGAS AT 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DESULFOREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO GIGAS AT 1.8 A RESOLUTION
要素DESULFOREDOXIN
キーワードNON-HEME IRON PROTEIN / RUBREDOXIN TYPE METAL CENTER / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性Desulforedoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / iron ion binding / : / Desulforedoxin
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Archer, M. / Huber, R. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of desulforedoxin from Desulfovibrio gigas determined at 1.8 A resolution: a novel non-heme iron protein structure.
著者: Archer, M. / Huber, R. / Tavares, P. / Moura, I. / Moura, J.J. / Carrondo, M.A. / Sieker, L.C. / LeGall, J. / Romao, M.J.
履歴
登録1997年7月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESULFOREDOXIN
B: DESULFOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7264
ポリマ－7,6152
非ポリマー1122
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area3930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.180, 42.180, 72.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.204527, -0.683513, -0.700699), (-0.692437, -0.606992, 0.389989), (-0.691881, 0.405427, -0.597436)
ベクター: 24.68513, 30.97293, 11.8294)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DESULFOREDOXIN


分子量: 3807.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ANAEROBIC, SULPHATE REDUCING BACTERIA / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: P00273
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 10% PEG 4K, 0.1M SODIUM ACETATE (PH 4.5)
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 %PEG40001reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoir
50.8 Mlithium sulfate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 269 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→11.4 Å / Num. obs: 6529 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / % possible all: 82.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 31254
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
タンパク質モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
タンパク質位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 785 7.5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 10346 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数594 0 2 69 665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.91 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 84 -
Rwork0.219 972 -
obs--83.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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