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万見
- PDB-1dx9: W57A Apoflavodoxin from Anabaena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dx9
タイトルW57A Apoflavodoxin from Anabaena
要素Flavodoxin
キーワードFLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to iron ion starvation / electron transport chain / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Romero, A. / Sancho, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Dissecting the Energetics of the Apoflavodoxin-Fmn Complex
著者: Lostao, A. / El-Harrous, M. / Daoudi, F. / Romero, A. / Parody-Morreale, A. / Sancho, J.
履歴
登録1999年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.52023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
B: Flavodoxin
C: Flavodoxin
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3148
ポリマ－74,9304
非ポリマー3844
水5,062281
1
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8282
ポリマ－18,7321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8282
ポリマ－18,7321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8282
ポリマ－18,7321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8282
ポリマ－18,7321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.140, 55.520, 75.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99222, 0.09961, 0.07466), (-0.09337, 0.99218, -0.08284), (-0.08233, 0.07522, 0.99376)-43.69671, 4.48979, 0.08261
2given(0.99222, 0.09961, 0.07466), (-0.09337, 0.99218, -0.08284), (-0.08233, 0.07522, 0.99376)-43.69671, 4.48979, 0.08261

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要素

#1: タンパク質
Flavodoxin


分子量: 18732.396 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain ATCC 29151 / PCC 7119) (バクテリア)
株: ATCC 29151 / PCC 7119 / 細胞株: E.COLI JM109 / 遺伝子: isiB / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P0A3E0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 6
詳細: 3.2 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM NA.K-PHOSPHATE, PH 6.0. PROTEIN CONCENTRATION 16 MG/ML
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
23.2 Mammonium sulfate1drop
3100 mMsodium potassium phosphate1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 36277 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.138 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.0584 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / % possible all: 97
反射
*PLUS
% possible obs: 93 % / Num. measured all: 129267 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FTG

1ftg


解像度: 2.05→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE N-TERMINAL SER RESIDUE COULD NOT BE MODELLED INTO THE ELECTRON DENSITY MAP, AS THERE ARE NO DENSITY FOR THIS RESIDUE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1431 3.9 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 35595 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5268 0 20 281 5569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.853
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.034
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.315
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.62.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 185 4.1 %
Rwork0.1981 4187 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX.PROTOPHCSD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLAMTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.SULTOPH.SUL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.864 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.031
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.034
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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