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- PDB-1dwl: The Ferredoxin-Cytochrome complex using heteronuclear NMR and doc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dwl
タイトルThe Ferredoxin-Cytochrome complex using heteronuclear NMR and docking simulation
要素
  • CYTOCHROME C553
  • FERREDOXIN I
キーワードELECTRON TRANSFER / FERREDOXIN-CYTOCHROME COMPLEX / MODEL / HETERONUCLEAR NMR / DOCKING
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 3Fe-4S ferredoxin / 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I / 4Fe-4S binding domain / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...: / 3Fe-4S ferredoxin / 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I / 4Fe-4S binding domain / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c-553 / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法溶液NMR / 理論モデル / MAPPING OF THE CHEMICAL SHIFT VARIATIONS
Model detailsMODELLING EXPERIMENT: THE COMPLEX STRUCTURE WAS OBTAINED BY SOFT DOCKING ALGORITHM IMPLEMENTED WITH ...MODELLING EXPERIMENT: THE COMPLEX STRUCTURE WAS OBTAINED BY SOFT DOCKING ALGORITHM IMPLEMENTED WITH AN NMR FILTER. THE STARTING MODELS OF THE CYTOCHROME AND THE FERREDOXIN WERE BASED ON THE PDB ENTRIES 1DVH AND 1FXD
データ登録者Morelli, X. / Guerlesquin, F. / Czjzek, M. / Palma, P.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Heteronuclear NMR and Soft Docking: An Experimental Approach for a Structural Model of the Cytochrome C553-Ferredoxin Complex
著者: Morelli, X. / Dolla, A. / Czjzek, M. / Palma, P.N. / Blasco, F. / Krippahl, L. / Moura, J.J.G. / Guerlesquin, F.
#1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2000
タイトル: Bigger: A New (Soft) Docking Algorithm for Predicting Protein Interactions
著者: Palma, P.N. / Krippahl, L. / Wampler, J.E. / Moura, J.J.G.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Mapping the Cytochrome C553 Interacting Site Using 1H and 15N NMR
著者: Morelli, X. / Guerlesquin, F.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN I
B: CYTOCHROME C553
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5524
ポリマ－14,5822
非ポリマー9702
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)3 / -COMBINATION OF NMR SHIFT VARIATION AND A SOFT DOCKING ALGORITHM
代表モデルモデル #2

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN I


分子量: 6264.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS A FE4S4 CLUSTER COVALENTLY LINKED BY FOUR CYSTEINS
由来: (組換発現) DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: FDXI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07485
#2: タンパク質 CYTOCHROME C553 / LOW POTENTIAL CYTOCHROME C


分子量: 8317.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CONTAINS A HEME GROUP COVALENTLY LINKED BY 2 CYSTEINES AND THE IRON ATOM IS COORDINATED BY A HISTIDINE AND A METHIONINE
由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P04032
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験タイプ: HSQC
NMR実験の詳細Text: HETERONUCLEAR EXPERIMENTS ON 15N-LABELED FERREDOXIN AND CYTOCHROME, CHEMICAL SHIFT VARIATION ANALYSIS

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試料調製

詳細内容: 10% D2O/90% WATER
試料状態pH: 5.9 / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: MAPPING OF THE CHEMICAL SHIFT VARIATIONS / ソフトェア番号: 1
詳細: MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION USING AMBER FORCE FIELD THESE ARE 3 MODEL STRUCTURES FOR THE COMPLEX OF CYTOCHROME C553 WITH FERREDOXIN I
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: COMBINATION OF NMR SHIFT VARIATION AND A SOFT DOCKING ALGORITHM
登録したコンフォーマーの数: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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