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- PDB-1dvp: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VHS AND FYVE TANDEM DOMAINS OF HRS, A PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dvp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE VHS AND FYVE TANDEM DOMAINS OF HRS, A PROTEIN INVOLVED IN MEMBRANE TRAFFICKING AND SIGNAL TRANSDUCTION
要素HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE
キーワードTRANSFERASE / HRS / VHS / FYVE / Zinc finger / superhelix
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of torso signaling pathway / Lysosome Vesicle Biogenesis / RHOBTB3 ATPase cycle / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of Toll signaling pathway ...negative regulation of torso signaling pathway / Lysosome Vesicle Biogenesis / RHOBTB3 ATPase cycle / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of Toll signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of border follicle cell migration / exosomal secretion / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / endocytic recycling / endosomal transport / neuron remodeling / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / ubiquitin binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / receptor internalization / endocytosis / cell cortex / early endosome / regulation of cell cycle / endosome / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate, helical domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 ...Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate, helical domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Mao, Y. / Nickitenko, A. / Duan, X. / Lloyd, T.E. / Wu, M.N. / Bellen, H. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the VHS and FYVE tandem domains of Hrs, a protein involved in membrane trafficking and signal transduction.
著者: Mao, Y. / Nickitenko, A. / Duan, X. / Lloyd, T.E. / Wu, M.N. / Bellen, H. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2000年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4394
ポリマ－25,1161
非ポリマー3233
水4,270237
1
A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE
ヘテロ分子

A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8788
ポリマ－50,2322
非ポリマー6466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)116.706, 69.665, 41.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE / HRS


分子量: 25115.869 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL VHS AND FYVE TANDEM DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q960X8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG10000, Sodium Citrate, Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21 mMdithiothreitol1drop
350 mMcitrate1drop
415 %PEG100001reservoir
55 mMdithiothreitol1reservoir
6100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9717
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 22957 / Num. obs: 22397 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique all: 2261 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 22957 / Num. measured all: 89859
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→50 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2075 -RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.227 22068 --
obs0.219 20914 92.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1728 0 15 237 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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