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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dvi | ||||||
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タイトル | CALPAIN DOMAIN VI WITH CALCIUM BOUND | ||||||
![]() | CALPAIN | ||||||
![]() | CALCIUM-DEPENDENT PROTEASE / SMALL SUBUNIT | ||||||
機能・相同性 | ![]() Degradation of the extracellular matrix / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / protein catabolic process / calcium ion binding / protein-containing complex binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cygler, M. / Blanchard, H. / Grochulski, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a calpain Ca(2+)-binding domain reveals a novel EF-hand and Ca(2+)-induced conformational changes. 著者: Blanchard, H. / Grochulski, P. / Li, Y. / Arthur, J.S. / Davies, P.L. / Elce, J.S. / Cygler, M. #1: ![]() タイトル: Ca(2+)-Binding Domain Vi of Rat Calpain is a Homodimer in Solution: Hydrodynamic, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies 著者: Blanchard, H. / Li, Y. / Cygler, M. / Kay, C.M. / Arthur, J.S. / Davies, P.L. / Elce, J.S. #2: ![]() タイトル: Active Recombinant Rat Calpain II. Bacterially Produced Large and Small Subunits Associate Both in Vivo and in Vitro 著者: Graham-Siegenthaler, K. / Gauthier, S. / Davies, P.L. / Elce, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.997267, -0.010967, -0.073069), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21288.914 Da / 分子数: 2 断片: SMALL (REGULATORY) SUBUNIT, DOMAIN VI, RESIDUES 87 - 270 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 17% PEG 8K, 50MM CACODYLATE PH. 6.5 , 10% GLYCEROL, 200MM CACL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月8日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 16358 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / % possible all: 85.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57387 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: NCS GROUP 1 COMPRISES OF HELICAL REGIONS, NCS GROUP 2 COMPRISES OF LOOP REGIONS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.22 |