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- PDB-1dvf: IDIOTOPIC ANTIBODY D1.3 FV FRAGMENT-ANTIIDIOTOPIC ANTIBODY E5.2 F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dvf
タイトルIDIOTOPIC ANTIBODY D1.3 FV FRAGMENT-ANTIIDIOTOPIC ANTIBODY E5.2 FV FRAGMENT COMPLEX
要素
  • (FV D1.3) x 2
  • (FV E5.2) x 2
キーワードCOMPLEX (IDIOTOPE-ANTIIDIOTOPE) / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VDJ complex / Immunoglobulin kappa chain variable 12-41 / Ig kappa chain V-V region HP 123E6 / Ig heavy chain V region PJ14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Braden, B.C. / Fields, B.A. / Ysern, X. / Dall'Acqua, W. / Goldbaum, F.A. / Poljak, R.J. / Mariuzza, R.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of an Fv-Fv idiotope-anti-idiotope complex at 1.9 A resolution.
著者: Braden, B.C. / Fields, B.A. / Ysern, X. / Dall'Acqua, W. / Goldbaum, F.A. / Poljak, R.J. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Molecular Basis of Antigen Mimicry by an Anti-Idiotope
著者: Fields, B.A. / Goldbaum, F.A. / Ysern, X. / Poljak, R.J. / Mariuzza, R.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Study of an Idiotope-Anti-Idiotope Fv-Fv Complex
著者: Goldbaum, F.A. / Fields, B.A. / Cauerhff, A. / Ysern, X. / Houdusse, A. / Eisele, J.L. / Poljak, R.J. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録1996年4月13日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FV D1.3
B: FV D1.3
C: FV E5.2
D: FV E5.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0037
ポリマ－49,8074
非ポリマー1963
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
A: FV D1.3
B: FV D1.3
C: FV E5.2
D: FV E5.2
ヘテロ分子

A: FV D1.3
B: FV D1.3
C: FV E5.2
D: FV E5.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,00714
ポリマ－99,6148
非ポリマー3926
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area36010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.800, 79.400, 51.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1159-

ZN

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 ABCD

#1: 抗体 FV D1.3


分子量: 11858.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01635
#2: 抗体 FV D1.3


分子量: 12857.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01820
#3: 抗体 FV E5.2


分子量: 11770.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01646
#4: 抗体 FV E5.2


分子量: 13320.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0NA69*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 160分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Goldbaum, F.A., (1994) J.Mol.Biol., 241, 739.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG80001reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 41404 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 105969

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→7 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 -
Rwork0.194 -
obs0.194 32539
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3494 0 3 157 3654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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