PDB-1dv7: CRYSTAL STRUCTURE OF OROTIDINE MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dv7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF OROTIDINE MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE

要素

OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / TIM barrel / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, N. / Mo, Y. / Gao, J. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Electrostatic stress in catalysis: structure and mechanism of the enzyme orotidine monophosphate decarboxylase.
著者: Wu, N. / Mo, Y. / Gao, J. / Pai, E.F.

履歴

登録	2000年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dv7.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dv7.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dv7_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dv7_full_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示
XML形式データ	1dv7_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	1dv7_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sh7-d 5ls3-d 2j1z-d 4agl-d 5zft-d 5g4o-d 7cef-d 4agm-d 5a7b-d 4agn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE

登録者が定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE

ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.858, 56.858, 124.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The biological assembly is a dimer.

#1: タンパク質	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE / OMPDECASE 分子量: 24753.500 Da / 分子数: 1 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: trisodium citrate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化	*PLUS 手法: unknown / 詳細: unpublished data

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / タイプ: APS / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 20729 / Num. obs: 20729 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.04
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Num. unique all: 1915 / % possible all: 99.7
反射	PLUS Num. measured all: 153588 / R_merge(I) obs*: 0.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	0.5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.8→30 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 914445.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS_0.5 library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1980	10.1 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.2	19510	-	-
obs	0.2	19510	99.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 43.05 Å² / k_sol: 0.3788 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.07 Å	-0.03 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1624	0	0	217	1841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.2	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.85	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.23	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.26	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / R_factor R_free error: 0.013 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	325	10.2 %
R_work	0.198	2869	-
obs	-	-	99.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10.1 % / R_factor obs: 0.2 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 21 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.1

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.239 / % reflection R_free: 10.2 % / R_factor R_work: 0.198

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関連情報:EMDBヘッダ

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