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- PDB-1dur: Replacement for 1FDX 2(4FE4S) ferredoxin from (NOW) Peptostreptoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dur
タイトルReplacement for 1FDX 2(4FE4S) ferredoxin from (NOW) Peptostreptococcus asaccharolyticus
要素2[4FE-4S] FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / TWO 4Fe-4S clusters
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / : / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoniphilus asaccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Adman, E.T. / Sieker, L.C.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: The 2[4Fe-4S] Ferredoxins
著者: Adman, E.T. / Sieker, L.C.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991
タイトル: The Environment of Fe4S4 Clusters in Ferredoxins and High-Potential Iron Proteins. New Information from X-ray Crystallography and Resonance Raman Spectroscopy
著者: Backes, G. / Mino, Y. / Loehr, T.M. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M. / Sweeney, W.V. / Adman, E.T. / Sanders-Loehr, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Structure of Peptococcus aerogenes Ferredoxin Refinement at 2 A Resolution
著者: Adman, E.T. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: The Structure of a Bacterial Ferredoxin
著者: Adman, E.T. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
履歴
登録2000年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年3月29日ID: 1FDX
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年8月13日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2[4FE-4S] FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2613
ポリマ－5,5571
非ポリマー7032
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.52, 37.75, 39.37
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2[4FE-4S] FERREDOXIN


分子量: 5557.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FORMERLY CALLED PEPTOCOCCUS AEROGENES
由来: (天然) Peptoniphilus asaccharolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00193
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 3.3-3.5M ammonium sulfate, tris-chloride buffer, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: PICKER / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1972年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. all: 3220 / Num. obs: 3220 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
PICKERデータ削減
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: Used Xplor positional and individual B refinement. Refinement with "modern" tools (PROLSQ, then XPLOR) revealed a new cysteine in position 22, subsequently verified by partial sequencing. See ...詳細: Used Xplor positional and individual B refinement. Refinement with "modern" tools (PROLSQ, then XPLOR) revealed a new cysteine in position 22, subsequently verified by partial sequencing. See Citation 1. The close contacts listed in remark 500 are waters that are regarded as alternative sites, not all occupied simultaneously.
Rfactor反射数
Rwork0.155 -
all0.155 3220
obs0.14 2963
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数379 0 16 93 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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