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- PDB-1duc: EIAV DUTPASE DUDP/STRONTIUM COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1duc
タイトルEIAV DUTPASE DUDP/STRONTIUM COMPLEX
要素DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DUTPASE / EIAV / TRIMERIC ENZYME / INHIBITOR COMPLEX / ASPARTYL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / UTP binding / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / UTP binding / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain ...Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Distorted Sandwich / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / STRONTIUM ION / Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dauter, Z. / Persson, R. / Rosengren, A.M. / Nyman, P.O. / Wilson, K.S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of dUTPase from equine infectious anaemia virus; active site metal binding in a substrate analogue complex.
著者: Dauter, Z. / Persson, R. / Rosengren, A.M. / Nyman, P.O. / Wilson, K.S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S.
履歴
登録1997年11月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2613
ポリマ－14,7851
非ポリマー4762
水1,44180
1
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7829
ポリマ－44,3553
非ポリマー1,4276
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8830 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.700, 106.700, 106.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-225-

HOH

21A-242-

HOH

31A-246-

HOH

41A-250-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / DUTPASE / DUTP PYROPHOSPHATASE


分子量: 14784.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH DUDP AND STRONTIUM(II) ION
由来: (組換発現) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-3A/EDU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P11204, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUDP


分子量: 388.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7
詳細: DROP: 3.0 MG/ML PROTEIN, 0.05 M IMIDAZOL MALATE BUFFER, PH 7.0, 21% PEG 400, 20 MM SRCL2, 5 MM DUDP; WELL: 0.1 M IMIDAZOLE MALATE BUFFER, PH 7.0, 42% PEG 400
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5-1.6 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropSrCl2
35 mMdUDP1drop
421 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.885
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 13598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.686 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 142838
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUP

1dup


解像度: 2.05→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 詳細: COORDINATE ERROR ACCORDING TO CRUICKSHANK = 0.11 A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 668 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 13538 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.9 Å20 Å20 Å2
2--27.9 Å20 Å2
3---27.9 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数919 0 25 80 1024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.93
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.85
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.16
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.88
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1686
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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