PDB-1du9: SOLUTION STRUCTURE OF BMP02, A NATURAL SCORPION TOXIN WHICH BLOCK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1du9

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF BMP02, A NATURAL SCORPION TOXIN WHICH BLOCKS APAMIN-SENSITIVE CALCIUM-ACTIVATED POTASSIUM CHANNELS, 25 STRUCTURES

要素

BMP02 NEUROTOXIN

キーワード

TOXIN / HELIX / SHEET

機能・相同性

Short scorpion toxin, potassium channel inhibitor alpha-KTx 8/9 / BmTXKS1/BmP02 toxin family / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 9.1

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, ENERGY MINIMIZATION

Model type details

minimized average

データ登録者

Xu, Y. / Wu, J. / Pei, J. / Shi, Y. / Ji, Y. / Tong, Q.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Solution structure of BmP02, a new potassium channel blocker from the venom of the Chinese scorpion Buthus martensi Karsch.
著者: Xu, Y. / Wu, J. / Pei, J. / Shi, Y. / Ji, Y. / Tong, Q.

履歴

登録	2000年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1du9.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1du9.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1du9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1du9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1du9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zuv-d 1azh-d 6d8s-d 2n3p-d 2kvh-d 2nld-1 1yp8-d 2nld-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BMP02 NEUROTOXIN

2.96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	BMP02 NEUROTOXIN 分子量: 2959.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: Q9NJP7
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	2	2D NOESY
1	5	2	DQF-COSY
1	6	2	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3mM BmP02; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	3mM BmP02; 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNSSOLVE	0.9a	BRUNGER	構造決定
CNSSOLVE	0.9a	BRUNGER	精密化

精密化

手法: simulated annealing, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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