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万見
- PDB-1du3: Crystal structure of TRAIL-SDR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1du3
タイトルCrystal structure of TRAIL-SDR5
要素
  • DEATH RECEPTOR 5
  • TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
キーワードAPOPTOSIS / TRAIL / DR5 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / response to insulin / cellular response to mechanical stimulus / male gonad development / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. ...Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cha, S.-S. / Sung, B.-J. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of TRAIL-DR5 complex identifies a critical role of the unique frame insertion in conferring recognition specificity
著者: Cha, S.-S. / Sung, B.-J. / Kim, Y.A. / Song, Y.L. / Kim, H.J. / Kim, S. / Lee, M.S. / Oh, B.-H.
履歴
登録2000年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEATH RECEPTOR 5
B: DEATH RECEPTOR 5
C: DEATH RECEPTOR 5
D: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
E: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
F: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
G: DEATH RECEPTOR 5
H: DEATH RECEPTOR 5
I: DEATH RECEPTOR 5
J: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
K: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
L: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,72614
ポリマ－204,59512
非ポリマー1312
水2,918162
1
A: DEATH RECEPTOR 5
B: DEATH RECEPTOR 5
C: DEATH RECEPTOR 5
D: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
E: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
F: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3637
ポリマ－102,2986
非ポリマー651
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17070 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
2
G: DEATH RECEPTOR 5
H: DEATH RECEPTOR 5
I: DEATH RECEPTOR 5
J: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
K: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
L: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3637
ポリマ－102,2986
非ポリマー651
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16920 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.63, 124.81, 128.37
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 104.489, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Chain D, E, F form a functional trimer Chain J, K, L form a functional trimer

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要素

#1: タンパク質
DEATH RECEPTOR 5


分子量: 14578.320 Da / 分子数: 6 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14763
#2: タンパク質
TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND


分子量: 19520.852 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P50591
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 %PEG300011
20.6 Msodium acetate11
30.6 M11NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 346386 / Num. obs: 93618 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 70
反射
*PLUS
% possible obs: 93.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.291 4680 random
Rwork0.291 --
all0.212 93618 -
obs0.212 346386 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11944 0 2 162 12108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.772
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.81 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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