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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dtl | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-SATURATED (3CA2+) CARDIAC TROPONIN C COMPLEXED WITH THE CALCIUM SENSITIZER BEPRIDIL AT 2.15 A RESOLUTION | ||||||
要素 | CARDIAC TROPONIN C | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / helix-turn-helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cardiac Troponin complex / Striated Muscle Contraction / myosin II complex / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Love, M.L. / Putkey, J.A. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Bepridil opens the regulatory N-terminal lobe of cardiac troponin C. 著者: Li, Y. / Love, M.L. / Putkey, J.A. / Cohen, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dtl.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dtl.ent.gz | 33.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dtl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dtl_validation.pdf.gz | 574.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dtl_full_validation.pdf.gz | 580.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dtl_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dtl_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/1dtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/1dtl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18401.377 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S, C84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: HEART / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09860 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG3350 monodisperse, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, bepridil, HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.935 |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 8025 / Num. obs: 7998 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.83 % / Biso Wilson estimate: 21.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 34.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Num. unique all: 764 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 54641 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1AVS AND 1TN4 解像度: 2.15→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→500 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.356 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor Rwork: 0.255 |