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万見
- PDB-1ds6: CRYSTAL STRUCTURE OF A RAC-RHOGDI COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ds6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A RAC-RHOGDI COMPLEX
要素
  • RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 2
  • RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / BETA SANDWHICH / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / G-DOMAIN / IMMUNOGLOBULIN FOLD / WALKER FOLD / GTP-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mast cell chemotaxis / cellular response to redox state / regulation of cell-substrate adhesion / lymphocyte aggregation / erythrocyte enucleation / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of trophoblast cell migration / regulation of respiratory burst / mast cell proliferation ...regulation of mast cell chemotaxis / cellular response to redox state / regulation of cell-substrate adhesion / lymphocyte aggregation / erythrocyte enucleation / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of trophoblast cell migration / regulation of respiratory burst / mast cell proliferation / regulation of neutrophil migration / regulation of mast cell degranulation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / ROS and RNS production in phagocytes / protein kinase regulator activity / cell projection assembly / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / motor neuron axon guidance / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / establishment or maintenance of cell polarity / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / bone resorption / regulation of cell migration / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / chemotaxis / PIP3 activates AKT signaling / lamellipodium / nuclear envelope / regulation of cell shape / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / G protein-coupled receptor signaling pathway / focal adhesion / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein kinase binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases ...Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Distorted Sandwich / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 2 / Rho GDP-dissociation inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Scheffzek, K. / Stephan, I. / Jensen, O.N. / Illenberger, D. / Gierschik, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Rac-RhoGDI complex and the structural basis for the regulation of Rho proteins by RhoGDI.
著者: Scheffzek, K. / Stephan, I. / Jensen, O.N. / Illenberger, D. / Gierschik, P.
履歴
登録2000年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 2
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4294
ポリマ－41,9612
非ポリマー4682
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.026, 61.922, 141.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 2 / P21-RAC2


分子量: 21453.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: LEUKOCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15153
#2: タンパク質 RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 2 / RHO GDI 2 / RHO-GDI BETA / LY-GDI


分子量: 20507.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: LEUKOCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52566
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, Lithium sulfate, Magnesium Chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
220-25 %PEG33501reservoir
3100 mMMES1reservoir
4200 mM1reservoirLi2SO4
540 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.78
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 66315 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / % possible all: 98
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. unique obs: 4068

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: STANDARD PROTOCOLS IN CNS, MLF- TARGET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1815 9.7 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 18654 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2839 0 29 129 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 299 10 %
Rwork0.274 2682 -
obs--90.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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