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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ds3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF OMTKY3-CH2-ASP19I | ||||||
要素 | OVOMUCOID | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / canonical protein inhibitor / ovomucoid / reduced peptide bond / OMTKY3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in ...タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in complex with Streptomyces griseus proteinase B (SGPB) and the structure of the free inhibitor, OMTKY-3-psi[CH2NH2+]-Asp19I 著者: Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ds3.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ds3.ent.gz | 12.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ds3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1ds3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1ds3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5557.278 Da / 分子数: 1 / 断片: THIRD DOMAIN (OMTKY3) / 変異: REDUCED PEPTIDE BOND BETWEEN LEU18I(2LU)-ASP19I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 解説: THE PEPTIDE BOND BETWEEN LEU18I(2LU) AND ASP19I HAS BEEN REDUCED. 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: ammonium sulphate, no buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used seeding | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 16933 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / % possible all: 47.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 4800 / Num. measured all: 16933 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 47.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.011 |