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万見
- PDB-1ds2: CRYSTAL STRUCTURE OF SGPB:OMTKY3-COO-LEU18I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ds2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SGPB:OMTKY3-COO-LEU18I
要素
  • OVOMUCOID
  • PROTEINASE B (SGPB)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine proteinase / protein inhibitor / ovomucoid / canonical inhibitor / ester bond / SGPB / OMTKY3 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Streptogrisin-B / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in ...タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in complex with Streptomyces griseus proteinase B (SGPB) and the structure of the free inhibitor, OMTKY-3-psi[CH2NH2+]-Asp19I
著者: Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.
履歴
登録2000年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PROTEINASE B (SGPB)
I: OVOMUCOID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2522
ポリマ－24,2522
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.413, 54.647, 45.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE B (SGPB) / STREPTOGRISIN B


分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00777, streptogrisin B
#2: タンパク質 OVOMUCOID


分子量: 5586.273 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN (OMTKY3) / Mutation: ESTER BOND BETWEEN THR17I-LEU18I(1LU) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
解説: THE PEPTIDE LINKAGE BETWEEN THR17I AND LEU18I(1LU) HAS BEEN REPLACED BY AN ESTER BOND.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 4000, sodium potassium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: used seeding / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mM1reservoirpH6.5-7..1NaKH-PO4
2PEG40001reservoir
310 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 61078 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 47.1
反射
*PLUS
Num. obs: 18894 / Num. measured all: 61078 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.71 Å / % possible obs: 47.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XPRESSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
TNT5E精密化
XPRESSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.7→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
obs0.183 18894
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1697 0 0 140 1837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.985
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor all: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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