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- PDB-1drg: CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1drg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX
要素
  • 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'
  • CRE RECOMBINASE
キーワードHYDROLASE / LIGASE/DNA / SITE-SPECIFIC RECOMBINASE / RECOMBINATION / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRIMERIC / THREE- WAY JUNCTION / BRANCHED DNA / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Woods, K.C. / Baldwin, E.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Quasi-equivalence in site-specific recombinase structure and function: crystal structure and activity of trimeric Cre recombinase bound to a three-way Lox DNA junction
著者: Woods, K.C. / Martin, S.S. / Chu, V.C. / Baldwin, E.P.
履歴
登録2000年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
A: CRE RECOMBINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1903
ポリマ－47,1903
非ポリマー00
水2,054114
1
B: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
A: CRE RECOMBINASE

B: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
A: CRE RECOMBINASE

B: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
A: CRE RECOMBINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,5699
ポリマ－141,5699
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.990, 160.990, 160.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Cell settingcubic
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'


分子量: 4872.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3'


分子量: 5842.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 CRE RECOMBINASE


分子量: 36474.770 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 21-198, 209-343 / Mutation: Y324F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / Plasmid details: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06956
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 125 MM LI2SO4, 4% PEG 8000, 40MM NAPIPES PH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LI2SO411
2NAPIPES11
3PEG 800011
4PEG 800012
結晶化
*PLUS
温度: 20-22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 %(w/v)PEG80001reservoir
2125 mM1reservoirLiSO4
320 mM1reservoirNa-PIPES
460 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→81 Å / Num. all: 22679 / Num. obs: 22679 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
TNT5E精密化
精密化解像度: 2.55→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: CONJUGATE DIRECTIONS LEAST-SQUARES MINIMIZATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1133 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all-22679 --
obs-22673 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 711 0 114 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.186 / Num. reflection obs: 18634 / Num. reflection Rfree: 981
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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