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万見
- PDB-1dqo: Crystal structure of the cysteine rich domain of mannose receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dqo
タイトルCrystal structure of the cysteine rich domain of mannose receptor complexed with Acetylgalactosamine-4-sulfate
要素MANNOSE RECEPTOR
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta trefoil / multilectin receptor / pituitary hormones / sulfated carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / cargo receptor activity / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / cargo receptor activity / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. ...: / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Kringle-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ASG / Macrophage mannose receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, Y. / Chirino, A.J. / Misulovin, Z. / Leteux, C. / Feizi, T. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the cysteine-rich domain of mannose receptor complexed with a sulfated carbohydrate ligand.
著者: Liu, Y. / Chirino, A.J. / Misulovin, Z. / Leteux, C. / Feizi, T. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2000年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANNOSE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8602
ポリマ－15,5581
非ポリマー3011
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.430, 41.480, 100.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MANNOSE RECEPTOR


分子量: 15558.486 Da / 分子数: 1 / 断片: CYSTEINE RICH DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGE / 細胞株: EPITHELIAL CELL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61830
#2: 糖 ChemComp-ASG / 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / 2-DEOXY-2-ACETAMIDO-BETA-D-GALACTOSE-4-SULFATE / N-acetyl-4-O-sulfo-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-galactose / N-アセチル-β-D-ガラクトサミン4-硫酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 301.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO9S
識別子タイププログラム
DGalpNAc[4S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-4-sulfo-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAc4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
310 mM1dropNaCl
430 %(w/v)PEG80001reservoir
50.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 8984 / Num. obs: 8984 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 86630
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 % / Mean I/σ(I) obs: 11.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DQG

1dqg


解像度: 2.2→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 483 RANDOM
Rwork0.211 --
all0.213 8639 -
obs0.213 8639 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 18 153 1256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.49
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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