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- PDB-1dqn: CRYSTAL STRUCTURE OF GIARDIA GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dqn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GIARDIA GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH A TRANSITION STATE ANALOGUE
要素GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / protein-inhibitor complex / Mg ions / pyrophosphate / transition state analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IMU / ISOPROPYL ALCOHOL / PYROPHOSPHATE 2- / Guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shi, W. / Munagala, N.R. / Wang, C.C. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of Giardia lamblia guanine phosphoribosyltransferase at 1.75 A(,).
著者: Shi, W. / Munagala, N.R. / Wang, C.C. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2000年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9189
ポリマ－52,7352
非ポリマー1,1837
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.632, 71.553, 123.08
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 26367.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q24973, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 483分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IMU / PHOSPHORIC ACID MONO-[5-(2-AMINO-4-OXO-4,5-DIHYDRO-3H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-3,4-DIHYDROXY-PYRROLIDIN-2-YLMETHYL] ESTER / MODIFIED QUANOSINE-5-PHOSPHATE


分子量: 361.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N5O7P
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% polyethylene glycol 4000, 5% isopropanol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 47 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
詳細: cocrystallized with a 1:1:1 stoichiometry of immucillin GP, 1 mM MgCl2, and 1 mM sodium pyrophosphate
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
35 %2-propanol1reservoir
4100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 50789 / Num. obs: 50789 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 40.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique all: 2481 / Rsym value: 0.082 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 195866 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 17.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 5080 -random
Rwork0.204 ---
all0.211 50562 --
obs0.207 50375 98.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 68 480 4254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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