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万見
- PDB-1dpz: STRUCTURE OF MODIFIED 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE AT THE C-TE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dpz
タイトルSTRUCTURE OF MODIFIED 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE AT THE C-TERMINUS, HD711
要素3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / MINOR GROOVE / PAPERCLIP MOTION
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nurachman, Z. / Akanuma, S. / Sato, T. / Oshima, T. / Tanaka, N.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of 3-isopropylmalate dehydrogenases with mutations at the C-terminus: crystallographic analyses of structure-stability relationships.
著者: Nurachman, Z. / Akanuma, S. / Sato, T. / Oshima, T. / Tanaka, N.
履歴
登録1999年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
B: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3292
ポリマ－74,3292
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.430, 87.570, 70.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / IMDH


分子量: 37164.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: LEUB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG400, SODIUM ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.05 Msodium acetate1drop
210 %(v/v)PEG4001drop
35-7.5 mg/mlprotein1drop
40.1 Msodium acetate1reservoir
520 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.1 Å / Num. all: 19530 / Num. obs: 19524 / % possible obs: 57.6 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 616 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 14.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.6 % / Num. unique obs: 616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IPMDH A172L (PDB 1OSJ)

1osj


解像度: 2.8→6.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1332 10 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.177 13270 86.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.26 Å
Luzzati d res low-6.8 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5179 0 0 69 5248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.021.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.342
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1710 10 %
Rwork0.212 1543 -
obs--67.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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