PDB-1dpy: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A NOVEL PHOSPHOLIPASE A2 FROM INDI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dpy

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A NOVEL PHOSPHOLIPASE A2 FROM INDIAN COMMON KRAIT AT 2.45 A RESOLUTION

要素

PHOSPHOLIPASE A2

キーワード

HYDROLASE / INDIAN COMMON KRAIT VENOM / PHOSPHOLIPASE A2 / REFINEMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bungarus caeruleus (コブラ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Singh, G. / Gourinath, S. / Sharma, S. / Paramasivam, M. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Sequence and crystal structure determination of a basic phospholipase A2 from common krait (Bungarus caeruleus) at 2.4 A resolution: identification and characterization of its pharmacological sites.
著者: Singh, G. / Gourinath, S. / Sharma, S. / Paramasivam, M. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.

履歴

登録	1999年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dpy.cif.gz	32.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dpy.ent.gz	25 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dpy_validation.pdf.gz	364.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dpy_full_validation.pdf.gz	366.2 KB	表示
XML形式データ	1dpy_validation.xml.gz	4 KB	表示
CIF形式データ	1dpy_validation.cif.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fe5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yxh-d 1kvy-d 1db4-d 1mh8-d 6syg-d 2zp3-d 2osn-d 1m8t-5 1une-d 3nju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (11) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHOLIPASE A2

ヘテロ分子

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.980, 57.980, 57.980
Angle α, β, γ (deg.)	92.02, 92.02, 92.02
Int Tables number	155
Cell setting	rhombohedral
Space group name H-M	R32

#1: タンパク質	PHOSPHOLIPASE A2 / PLA2 分子量: 12945.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus caeruleus (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: Q9DF52, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %

結晶化

温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NACL, TRIS HCL, EDTA, NAN3, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

結晶化

*PLUS

温度: 8 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop
3	1.4 M		1	drop	NaCl
4	1 mM		1	drop	NaN3
5	50 mM	Tris-HCl	1	reservoir
6	3.5 M		1	reservoir	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→15 Å / Num. all: 81092 / Num. obs: 4629 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.198 / % possible all: 70.7
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93 % / R_merge(I) obs*: 0.092
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 92 % / R_merge(I) obs*: 0.174

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	0.9	精密化

精密化

解像度: 2.45→9.99 Å / R_factor R_free error: 0.015 / Data cutoff high absF: 151511.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	356	7.9 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
all	0.209	-	-	-
obs	0.202	4535	93.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 81.4 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	3.57 Å²	3.57 Å²
2-	-	0 Å²	3.57 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.41 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.59 Å	0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→9.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	888	0	1	79	968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.82
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.45	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.37	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.72	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.14	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.6 Å / R_factor R_free error: 0.057 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	45	8 %
R_work	0.358	521	-
obs	-	-	70.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 4629 / R_factor R_free: 0.271 / R_factor R_work: 0.201

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 30.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.82

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関連情報:EMDBヘッダ

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