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- PDB-1dpp: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEX WITH GLYCYL-L-LEUCINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dpp
タイトルDIPEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEX WITH GLYCYL-L-LEUCINE
要素DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / CHEMOTAXIS / COMPLEX (BINDING PROTEIN-PEPTIDE) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transport / heme transport / heme transmembrane transport / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transmembrane transporter activity / positive chemotaxis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / peptide binding / protein transport ...dipeptide transport / heme transport / heme transmembrane transport / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transmembrane transporter activity / positive chemotaxis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / peptide binding / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 ...: / Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / LEUCINE / Dipeptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dunten, P. / Mowbray, S.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the dipeptide binding protein from Escherichia coli involved in active transport and chemotaxis.
著者: Dunten, P. / Mowbray, S.L.
履歴
登録1995年8月11日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
C: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
E: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
G: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,72812
ポリマ－229,9034
非ポリマー8258
水00
1
A: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6823
ポリマ－57,4761
非ポリマー2062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6823
ポリマ－57,4761
非ポリマー2062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6823
ポリマ－57,4761
非ポリマー2062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6823
ポリマ－57,4761
非ポリマー2062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.570, 182.570, 211.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 275 / 2: CIS PROLINE - PRO C 275 / 3: CIS PROLINE - PRO E 275 / 4: CIS PROLINE - PRO G 275
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.150197, 0.307245, -0.939703), (0.274181, -0.900258, -0.338172), (-0.949877, -0.308441, 0.050975)5.8578, 274.5383, 89.4968
2given(0.167259, -0.40796, 0.897548), (0.261819, -0.859306, -0.439368), (0.950513, 0.308484, -0.036915)7.4154, 264.54471, 7.2854
3given(-0.994153, 0.107633, 0.00871), (0.10759, 0.994181, -0.005285), (-0.009228, -0.004317, -0.999948)-17.5245, -8.5036, 97.9755

-
要素

#1: タンパク質
DIPEPTIDE BINDING PROTEIN


分子量: 57475.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23847
#2: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物
ChemComp-LEU / LEUCINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細RESIDUES 1001 AND 1002 WITH CHAIN IDS A, C, E AND G FORM THE DIPEPTIDE SUBSTRATE BOUND TO THE ...RESIDUES 1001 AND 1002 WITH CHAIN IDS A, C, E AND G FORM THE DIPEPTIDE SUBSTRATE BOUND TO THE DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein 1drop
21 mMdepeptide1drop
31.49 Msodium citrate1reservoir
41 %ethanol1reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.89
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月17日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 57483 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射
*PLUS
Num. measured all: 170663 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 3.2→25 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -5 %
Rwork0.223 --
obs0.223 57347 87 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16192 0 52 0 16244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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