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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1doi | ||||||
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タイトル | 2FE-2S FERREDOXIN FROM HALOARCULA MARISMORTUI | ||||||
要素 | 2FE-2S FERREDOXIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / HALOPHILIC PROTEIN / REDOX PROTEIN / IRON-SULFUR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換, NATIVE ANOMALOUS SCATTERING SOFTWARE USED : NULL STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Frolow, F. / Harel, M. / Sussman, J.L. / Shoham, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Insights into protein adaptation to a saturated salt environment from the crystal structure of a halophilic 2Fe-2S ferredoxin. 著者: Frolow, F. / Harel, M. / Sussman, J.L. / Mevarech, M. / Shoham, M. #1: ジャーナル: Iron-Sulfur Protein Research / 年: 1986 タイトル: X-Ray Structural Studies of a Salt-Loving 2Fe-2S Ferredoxin from Halobacterium of the Dead Sea 著者: Sussman, J.L. / Brown, J.H. / Shoham, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979 タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Studies on 2 Fe-Ferredoxin from Halobacterium of the Dead Sea 著者: Sussman, J.L. / Zipori, P. / Harel, M. / Yonath, A. / Werber, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1doi.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1doi.ent.gz | 30.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1doi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1doi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1doi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14413.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P00217 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-FES / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE CRITERION TO ASSIGN A SOLVENT PEAK AS A POTASSIUM ION WAS THE ISOTROPIC TEMPERATURE FACTOR UPON ...THE CRITERION TO ASSIGN A SOLVENT PEAK AS A POTASSIUM ION WAS THE ISOTROPIC TEMPERATUR | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: Sussman, J.L., (1979) J.Mol.Biol., 134, 375. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 9760 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.04 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換, NATIVE ANOMALOUS SCATTERING SOFTWARE USED : NULL STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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