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- PDB-1dod: THE MOBIL FLAVIN OF 4-OH BENZOATE HYDROXYLASE: MOTION OF A PROSTH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dod
タイトルTHE MOBIL FLAVIN OF 4-OH BENZOATE HYDROXYLASE: MOTION OF A PROSTHETIC GROUP REGULATES CATALYSIS
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gatti, D.L. / Palfey, B.A. / Lah, M.S. / Entsch, B. / Massey, V. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The mobile flavin of 4-OH benzoate hydroxylase.
著者: Gatti, D.L. / Palfey, B.A. / Lah, M.S. / Entsch, B. / Massey, V. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Flavin-Oxygen Derivatives Involved in Hydroxylation by P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Entsch, B. / Ballou, D.P. / Massey, V.
履歴
登録1994年9月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3223
ポリマ－44,3831
非ポリマー9402
水3,045169
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6446
ポリマ－88,7652
非ポリマー1,8794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.900, 146.440, 88.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 275

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44382.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P20586
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DOB / 2,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / 2,4-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE FLAVIN RING IS PRESENT IN A CONFORMATION DEFINED AS 'OUT' IN WHICH THE FLAVIN HAS MOVED AWAY ...THE FLAVIN RING IS PRESENT IN A CONFORMATION DEFINED AS 'OUT' IN WHICH THE FLAVIN HAS MOVED AWAY FROM THE SUBSTRATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化
*PLUS
温度: 4-20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: free interface diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
22 mMp-hydroxybenzoate1drop
30.04 mMFAD1drop
40.3 mMEDTA1drop
530 mMsodium sulphite1drop
60.1 Mphosphate1drop
770 %satammonium sulfate1reservoir
80.1 Mphosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 25883 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.0865

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→15 Å / σ(F): 0
詳細: THE HYDROGEN BOND DISTANCE CUTOFF USED FOR THE TURNS IS 3.5 ANGSTROMS. THE CA(X) TO CA(X+4) DISTANCE IS LESS THAN 6.0 ANGSTROMS. THE ANGLES ARE FROM ROBSON AND GARNIER, (1986), 'INTRODUCTION ...詳細: THE HYDROGEN BOND DISTANCE CUTOFF USED FOR THE TURNS IS 3.5 ANGSTROMS. THE CA(X) TO CA(X+4) DISTANCE IS LESS THAN 6.0 ANGSTROMS. THE ANGLES ARE FROM ROBSON AND GARNIER, (1986), 'INTRODUCTION TO PROTEINS AND PROTEIN ENGINEERING', ELSEVIER, AMSTERDAM. TYPE PHI2 PSI2 PHI3 PSI3 I -75(+-65) -30(+-40) -90(+-40) -15 TO 40 II -60(+-40) 120(+-40) 90(+-40) 0(+-40) III -75(+-65) -30(+-40) -60(+-40) -15 TO -70 I(PRIME) 75(+-65) 30(+-40) 90(+-40) -40 TO 15 II(PRIME) 60(+-40) -120(+-40) -90(+-40) 0(+-40) III(PRIME) 75(+-65) 30(+-40) 60(+-40) 15 TO 70 RESIDUES 391 - 394 ARE IN A DISORDERED REGION.
Rfactor反射数
Rwork0.168 -
obs0.168 25883
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3124 0 64 169 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 25883 / Rfactor all: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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