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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1do5 | ||||||
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タイトル | HUMAN COPPER CHAPERONE FOR SUPEROXIDE DISMUTASE DOMAIN II | ||||||
![]() | HUMAN COPPER CHAPERONE FOR SUPEROXIDE DISMUTASE DOMAIN II | ||||||
![]() | CHAPERONE / BETA-BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein maturation by copper ion transfer / superoxide dismutase copper chaperone activity / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / removal of superoxide radicals / cellular response to oxidative stress / cadherin binding / copper ion binding / nucleus ...protein maturation by copper ion transfer / superoxide dismutase copper chaperone activity / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / removal of superoxide radicals / cellular response to oxidative stress / cadherin binding / copper ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamb, A.L. / Wernimont, A.K. / Pufahl, R.A. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the second domain of the human copper chaperone for superoxide dismutase. 著者: Lamb, A.L. / Wernimont, A.K. / Pufahl, R.A. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A with chain B or chain C with chain D |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16292.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: MES buffer and PEG20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→20 Å / Num. all: 57239 / Num. obs: 17097 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.83 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / % possible all: 96.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.75→19.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 197368.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.12 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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