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- PDB-1dny: SOLUTION STRUCTURE OF PCP, A PROTOTYPE FOR THE PEPTIDYL CARRIER D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dny
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF PCP, A PROTOTYPE FOR THE PEPTIDYL CARRIER DOMAINS OF MODULAR PEPTIDE SYNTHETASES
要素NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE PEPTIDYL CARRIER PROTEIN
キーワードLIGASE / FOUR-HELIX BUNDLE / MODULAR ENZYME / FLEXIBLE REGION / 4'-PHOSPHOPANTETHEINYL COFACTOR / modular peptide synthetases / nonribosomal peptide synthesis / peptidyl carrier protein (PCP)
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...ACP-like / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus brevis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Weber, T. / Baumgartner, R. / Renner, C. / Marahiel, M.A. / Holak, T.A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of PCP, a prototype for the peptidyl carrier domains of modular peptide synthetases.
著者: Weber, T. / Baumgartner, R. / Renner, C. / Marahiel, M.A. / Holak, T.A.
履歴
登録1999年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE PEPTIDYL CARRIER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1201
ポリマ－10,1201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE PEPTIDYL CARRIER PROTEIN


分子量: 10119.620 Da / 分子数: 1 / 断片: TYCC3 THIOESTER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: TYCC / プラスミド: PQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1242D NOESY
1323D 15N-separated NOESY
1433D 13C-separated NOESY
152HNHA
NMR実験の詳細Text: All spectrometers were equipped with triple resonance (1H, 13C, 15N) probeheads and pulsed-field gradient accessories. The structure was determined using triple-resonance NMR techniques. BEST ...Text: All spectrometers were equipped with triple resonance (1H, 13C, 15N) probeheads and pulsed-field gradient accessories. The structure was determined using triple-resonance NMR techniques. BEST REPRESENTATIVE CONFORMER 1 IN THIS ENSEMBLE is the minimized mean structure of the remaining 20 conformers.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.8 mM PCP; 50 mM Na-phosphate buffer pH 5.0590% H2O/10% D2O
21.8 mM PCP U-15N; 50 mM Na-phosphate buffer pH 5.0590% H2O/10% D2O
31.8 mM PCP U-15N,13C; 50 mM Na-phosphate buffer pH 5.05100% D2O
41.8 mM PCP; 50 mM Na-phosphate buffer pH 5.05100% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM Na-Phosphate / pH: 5.05 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DMXBrukerDMX7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CC-NMRCieslar精密化
X-PLOR3.1Brunger構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: USED DISTANCE CONSTRAINTS: 856; intra-residue: 47; sequential: 287; medium range (2<|i-j|<5): 215; long range (|i-j|>4): 253; hydrogen bonds (2 restraints per H-bond): 54;DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS: 104
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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