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- PDB-1dnt: RNA/DNA DODECAMER R(GC)D(GTATACGC) WITH MAGNESIUM BINDING SITES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dnt
タイトルRNA/DNA DODECAMER R(GC)D(GTATACGC) WITH MAGNESIUM BINDING SITES
要素DNA/RNA (5'-R(*GP*CP)-D(*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA CONFORMATION / RNA/DNA HYBRID / METAL IONS / DNA-RNA COMPLEX / DNA-RNA HYBRID COMPLEX
機能・相同性DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Hexahydrated magnesium ions bind in the deep major groove and at the outer mouth of A-form nucleic acid duplexes.
著者: Robinson, H. / Gao, Y.G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Wang, A.H.
履歴
登録1999年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP)-D(*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP)-D(*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1783
ポリマ－6,1542
非ポリマー241
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.538, 43.725, 45.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*GP*CP)-D(*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3077.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, CACODYLATE, MGCL2, SPERMINE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CACODYLATE11
2SPERMINE11
3MGCL211
4MPD11
5MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID詳細Sol-ID化学式
15 mMDNA duplex10.0025ml
2100 mMsodium cacodylate10.0010ml
320 %MPD10.005ml
415 mMspermine10.0025ml
5100 mM10.0025ml1MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. all: 5962 / Num. obs: 5929 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 43.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータ削減
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
d*TREKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 1843 / Num. restraintsaints: 1769 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: G.PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 295 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.196 5929 --
obs0.194 5929 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SHELXL SWAT OPTION
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 460
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 408 7 45 460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 5900 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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