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- PDB-1dmy: COMPLEX BETWEEN MURINE MITOCHONDRIAL CARBONIC ANYHDRASE V AND THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dmy
タイトルCOMPLEX BETWEEN MURINE MITOCHONDRIAL CARBONIC ANYHDRASE V AND THE TRANSITION STATE ANALOGUE ACETAZOLAMIDE
要素MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
キーワードLYASE (OXO-ACID) / PROTON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


Reversible hydration of carbon dioxide / gluconeogenesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / mitochondrion / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / Carbonic anhydrase 5A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A. / Christianson, D.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Structure determination of murine mitochondrial carbonic anhydrase V at 2.45-A resolution: implications for catalytic proton transfer and inhibitor design.
著者: Boriack-Sjodin, P.A. / Heck, R.W. / Laipis, P.J. / Silverman, D.N. / Christianson, D.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Catalytic Properties of Mouse Carbonic Anhydrase V
著者: Heck, R.W. / Tanhauser, S.M. / Manda, R. / TU, C. / Laipis, P.J. / Silverman, D.N.
履歴
登録1995年10月4日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
B: MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1276
ポリマ－56,5522
非ポリマー5754
水1,802100
1
A: MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5643
ポリマ－28,2761
非ポリマー2882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5643
ポリマ－28,2761
非ポリマー2882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.690, 60.370, 60.440
Angle α, β, γ (deg.)67.65, 75.26, 75.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 30 / 2: CIS PROLINE - PRO A 202 / 3: CIS PROLINE - PRO B 30 / 4: CIS PROLINE - PRO B 202
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999912, 0.003781, -0.01269), (0.010869, -0.313023, -0.949683), (-0.007563, -0.949738, 0.312954)
ベクター: 116.35023, 108.07323, 37.70745)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 25 .. A 261 B 25 .. B 261 0.445

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要素

#1: タンパク質 MURINE CARBONIC ANHYDRASE V / CARBONATE DEHYDROGENASE / MCAVC


分子量: 28275.854 Da / 分子数: 2
変異: TRUNCATION OF MITOCHONDRIAL LEADER SEQUENCE AND FIRST 21 RESIDUES
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/CJ
解説: TRUNCATED VERSION OF PROTEIN WITH 21 N TERMINAL RESIDUES REMOVED (SEE HECK ET AL., JBC, VOL 269 (1994) PP 24742-24746)
細胞株: BL21 / 遺伝子: MCA5C / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PET31 T7 / 遺伝子 (発現宿主): MCA5C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P23589, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド


分子量: 222.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4O3S2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG8000

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: R-AXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年12月19日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→19.9 Å / Num. obs: 21645 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.45→8 Å / σ(F): 2
詳細: CRYST1 TEXT TO EXPLAIN UNUSUAL UNIT-CELL DATA: TWO MOLECULES IN UNIT CELL RELATED BY NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING:
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
obs0.17 17382 79 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 28 100 3938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.05
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.348
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.05
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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