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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dm5 | ||||||
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タイトル | ANNEXIN XII E105K HOMOHEXAMER CRYSTAL STRUCTURE | ||||||
![]() | ANNEXIN XII E105K MUTANT HOMOHEXAMER | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / HOMOHEXAMER / NOVEL PH-DEPENDENT HEXAMERIZATION SWITCH E76 / LOW CALCIUM FORM / MIXED TYPEII/TYPEIII CALCIUM BINDING SITE / E105K EPSILON AMINO GROUP REPLACES INTERMOLECULAR CALCIUM | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1-phosphatidylinositol binding / phosphatidylethanolamine binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / heparin binding / calcium ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cartailler, J.P. / Haigler, H.T. / Luecke, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Annexin XII E105K crystal structure: identification of a pH-dependent switch for mutant hexamerization. 著者: Cartailler, J.P. / Haigler, H.T. / Luecke, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 385.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 314.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35024.539 Da / 分子数: 6 / 変異: E105K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6 80 % 2-METHYL-PENTANEDIOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 969367 / Num. obs: 156877 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.18 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 969367 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.93→10 Å / σ(F): 4 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELXL 詳細: -WATERS WERE ADDED ONCE THE RFREE DROPPED BELOW 30% -NCS RESTRAINTS WERE USED UNTIL CONVERGENCE AT RFREE=32% -NCS RESTRAINTS THEN RELAXED TO ALLOW LOOP INDEPENDENT LOOP MOTIONS IN NCS COPIES - ...詳細: -WATERS WERE ADDED ONCE THE RFREE DROPPED BELOW 30% -NCS RESTRAINTS WERE USED UNTIL CONVERGENCE AT RFREE=32% -NCS RESTRAINTS THEN RELAXED TO ALLOW LOOP INDEPENDENT LOOP MOTIONS IN NCS COPIES -RANDOM DISPLACEMENT OF ATOMIC POSITIONS AND B-VALUES FROM THEIR CURRENT VALUES (MAIN-"KICKING") WAS USED TO REDUCE MODEL BIAS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 1.5 |