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- PDB-1dl7: THE STRUCTURAL BASIS OF REPERTOIRE SHIFT IN AN IMMUNE RESPONSE TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dl7
タイトルTHE STRUCTURAL BASIS OF REPERTOIRE SHIFT IN AN IMMUNE RESPONSE TO PHOSPHOCHOLINE
要素
  • PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNE SYSTEM / SINGLE CHAIN FV / REPERTOIRE SHIFT
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex / antigen binding / adaptive immune response / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-NITROPHENYL-PHOSPHOCHOLINE / Ig lambda-1 chain V regions MOPC 104E/RPC20/J558/S104 / Ig heavy chain V region PJ14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Schumacher, M. / Brown, M.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2000
タイトル: The structural basis of repertoire shift in an immune response to phosphocholine.
著者: Brown, M. / Schumacher, M.A. / Wiens, G.D. / Brennan, R.G. / Rittenberg, M.B.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年10月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1843
ポリマ－23,8792
非ポリマー3051
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.900, 35.900, 50.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO H 101
詳細the biological assembly is a dimer of one light chain and one heavy chain.

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (LIGHT CHAIN))


分子量: 11544.834 Da / 分子数: 1 / 断片: FV (SINGLE CHAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMBINED LIGHT AND HEAVY CHAIN VIA (G4S)3 LINKER / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HYBRIDOMA M3C65 / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01724*PLUS
#2: 抗体 PROTEIN (ANTIBODY M3C65 (HEAVY CHAIN))


分子量: 12333.841 Da / 分子数: 1 / 断片: FV (SINGLE CHAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HYBRIDOMA M3C65 / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01820*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NCH / P-NITROPHENYL-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 305.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N2O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15.6 mg/mlprotein1drop
22 mMNPPC1drop
31.5 M1reservoirNaH2PO4/K2HPO4
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→10 Å / Num. all: 47930 / Num. obs: 8983 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 52
反射
*PLUS
Num. measured all: 47930
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
bioteXデータ収集
bioteXデータ削減
EPMR位相決定
TNT精密化
bioteXデータスケーリング
精密化解像度: 2.35→10 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 43 -RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.189 47930 --
obs0.191 8983 84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 20 79 1779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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