PDB-1dl0: SOLUTION STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL NEUROTOXIN J-ATRACOTOXIN-HV1C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dl0

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL NEUROTOXIN J-ATRACOTOXIN-HV1C

要素

J-ATRACOTOXIN-HV1C

キーワード

TOXIN / NEUROTOXIN / ATRACOTOXIN / INSECTICIDAL / CYSTINE KNOT / VICINAL DISULFIDE

機能・相同性

Janus-atracotoxin / Janus-atracotoxin / Janus-faced atracotoxin (J-ACTX) family signature. / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Lambda-hexatoxin-Hv1c

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Wang, X.H. / King, G.F.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Discovery and characterization of a family of insecticidal neurotoxins with a rare vicinal disulfide bridge.
著者: Wang, X. / Connor, M. / Smith, R. / Maciejewski, M.W. / Howden, M.E. / Nicholson, G.M. / Christie, M.J. / King, G.F.

履歴

登録	1999年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dl0.cif.gz	194.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dl0.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dl0_validation.pdf.gz	340.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dl0_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	1dl0_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	1dl0_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1n96-d 6pnk-2 1kqh-d 2ysh-d 2mt8-d 5wlx-d 2kza-d 1kqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: J-ATRACOTOXIN-HV1C

3.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	J-ATRACOTOXIN-HV1C 分子量: 3772.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE SPIDER, HADRONYCHE VERSUTA. THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED FOR NMR STUDIES USING STANDARD T-BOC CHEMISTRY AND OXIDIZED/FOLDED IN A GLUTATHIONE REDOX BUFFER. 参照: UniProt: P82228
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	H2O 2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	E-COSY
1	4	2	D2O 2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR NMR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	1.6 MM J-ATRACOTOXIN-HV1C
2	1.6 MM J-ATRACOTOXIN-HV1C

試料状態

イオン強度: 0.005 / pH: 4.95 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2	BRUKER ANALYTIK GMBH	collection
XwinNMR	2	BRUKER ANALYTIK GMBH	解析
XEASY	1.3.13	XIA, BARTELS	データ解析
DYANA	1.5	GUENTERT	構造決定
X-PLOR	3.8	BRUNGER	精密化
MOLMOL	2.6	KORADI	データ解析

精密化

手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 403 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 41 DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS, PLUS 56 RESTRAINTS DEFINING 14 HYDROGEN BONDS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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