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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dkq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PHYTATE COMPLEX ESCHERICHIA COLI PHYTASE AT PH 5.0. PHYTATE IS BOUND WITH ITS 3-PHOSPHATE IN THE ACTIVE SITE. HG2+ CATION ACTS AS AN INTERMOLECULAR BRIDGE | ||||||
![]() | PHYTASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HISTIDINE ACID PHOSPHATASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-phytase activity / inositol phosphate phosphatase activity / cellular response to anoxia / nucleotidase activity / sugar-phosphatase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular response to phosphate starvation / lysosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 ...4-phytase activity / inositol phosphate phosphatase activity / cellular response to anoxia / nucleotidase activity / sugar-phosphatase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular response to phosphate starvation / lysosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / lysosome / GTPase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lim, D. / Golovan, S. / Forsberg, C.W. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Escherichia coli phytase and its complex with phytate. 著者: Lim, D. / Golovan, S. / Forsberg, C.W. / Jia, Z. #1: ![]() タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of the Escherichia coli Phytase 著者: Jia, Z. / Golovan, S. / Ye, Q. / Forsberg, C.W. #2: ![]() タイトル: The Complete Nucleotide Sequence of the Escherichia coli Gene appA Reveals Significant Homology Between pH 2.5 Acid Phosphatase and Glucose-1-phosphatase 著者: Dassa, J. / Marck, C. / Boquet, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 894.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 903.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the single molecule in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44696.609 Da / 分子数: 1 / 変異: A116T, H17A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HG / #3: 化合物 | ChemComp-IHP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: ETHYLENE GLYCOL, GLYCEROL, 2-MORPHOLINOPROPANESULFONIC ACID, MERCURIC CHLORIDE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→25 Å / Num. all: 184164 / Num. obs: 55402 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / % possible all: 91.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1713423.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.5 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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