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- PDB-1dkd: CRYSTAL STRUCTURE OF A GROEL (APICAL DOMAIN) AND A DODECAMERIC PE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dkd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A GROEL (APICAL DOMAIN) AND A DODECAMERIC PEPTIDE COMPLEX
要素
  • 12-MER PEPTIDE
  • GROEL
キーワードCHAPERONE / MOLECULAR CHAPERON / HSP60 / PROTEIN FOLDING / PEPTIDE SELECTION / PHAGE DISPLAY / PEPTIDE BINDING GROOVE FORMED BY PAIRED HELICES SUBSTRATE PEPTIDE IN BETA-SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family ...GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, L. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a GroEL/peptide complex: plasticity as a basis for substrate diversity.
著者: Chen, L. / Sigler, P.B.
履歴
登録1999年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROEL
E: 12-MER PEPTIDE
B: GROEL
F: 12-MER PEPTIDE
C: GROEL
G: 12-MER PEPTIDE
D: GROEL
H: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7608
ポリマ－68,7608
非ポリマー00
水1,72996
1
A: GROEL
E: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1902
ポリマ－17,1902
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7400 Å2
手法PISA
2
B: GROEL
F: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1902
ポリマ－17,1902
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
3
C: GROEL
G: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1902
ポリマ－17,1902
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
4
D: GROEL
H: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1902
ポリマ－17,1902
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
5
A: GROEL
E: 12-MER PEPTIDE
C: GROEL
G: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3804
ポリマ－34,3804
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
6
B: GROEL
F: 12-MER PEPTIDE

D: GROEL
H: 12-MER PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3804
ポリマ－34,3804
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_647-x+1,y-1/2,-z+21
Buried area3260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.042, 134.668, 59.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GROEL / CHAPERONE HSP60


分子量: 15729.269 Da / 分子数: 4 / 断片: APICAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: タンパク質・ペプチド
12-MER PEPTIDE


分子量: 1460.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: the peptide was chemically synthesized and was SELECTED FROM PHAGE DISPLAY PEPTIDE LIBRARY.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The peptide adopts a typical beta-turn; paired alpha helices H and I, and the groove between them ...The peptide adopts a typical beta-turn; paired alpha helices H and I, and the groove between them constitute the binding site.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4K, MgCl2, TrisCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMTris-Cl1reservoir
2200 mM1reservoirMgCl2
330 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.923
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 38529 / Num. obs: 35897 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Num. unique all: 3394 / % possible all: 89.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.1→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1783 -random
Rwork0.215 ---
all-38529 --
obs-35897 93.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4722 0 0 96 4818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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