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万見
- PDB-1djq: STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF RECOMBINANT C30A M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1djq
タイトルSTRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF RECOMBINANT C30A MUTANT OF TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (SP. W3A1)
要素TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / IRON-SULFUR FLAVOPROTEIN / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine dehydrogenase / trimethylamine dehydrogenase activity / catabolic process / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Trimethylamine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Trickey, P. / Basran, J. / Lian, L.-Y. / Chen, Z.-W. / Barton, J.D. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural and biochemical characterization of recombinant wild type and a C30A mutant of trimethylamine dehydrogenase from methylophilus methylotrophus (sp. W(3)A(1)).
著者: Trickey, P. / Basran, J. / Lian, L.Y. / Chen, Z. / Barton, J.D. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Correlation of X-Ray Deduced and Experimental Amino Acid Sequences of Trimethylamine Dehydrogenase
著者: Barber, M.J. / Neame, P.J. / Lim, L.W. / White, S. / Mathews, F.S.
履歴
登録1999年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
B: TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6188
ポリマ－163,1482
非ポリマー2,4706
水11,908661
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16250 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area45090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.090, 72.000, 83.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer related by a molecular 2-fold axis.

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要素

#1: タンパク質 TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE


分子量: 81573.961 Da / 分子数: 2 / 変異: C30A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M13MP18 / 参照: UniProt: P16099, EC: 1.5.99.7
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 295 K
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, microseeding
pH: 6.5
詳細: PEG 8000, phosphate buffer, sodium chloride, pH 6.5, vapor diffusion,hanging drop and microseeding, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→10 Å / Num. all: 86826 / Num. obs: 81611 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.22→2.32 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Num. unique all: 17184 / % possible all: 71.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 7871 -RANDOM
Rwork0.139 ---
all-79975 --
obs-78493 98.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11480 0 132 661 12273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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