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- PDB-1djm: SOLUTION STRUCTURE OF BEF3-ACTIVATED CHEY FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1djm
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF BEF3-ACTIVATED CHEY FROM ESCHERICHIA COLI
要素CHEMOTAXIS PROTEIN Y
キーワードSIGNALING PROTEIN / BEFX / CHEY / RESPONSE REGULATOR / CHEMOTAXIS / TWO-COMPONENT
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Cho, H.S. / Lee, S.Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G.
引用
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Beryllofluoride Mimics Phosphorylation of NtrC and Other Bacterial Response Regulators
著者: Yan, D. / Cho, H.S. / Hastings, C.A. / Igo, M.M. / Lee, S.Y. / Pelton, J.G. / Stewart, V. / Wemmer, D.E. / Kustu, S.
履歴
登録1999年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS PROTEIN Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1121
ポリマ－14,1121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)27 / 60structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS PROTEIN Y


分子量: 14112.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C-SEPARATED NOESY
1214D 13C/15N-SEPARATED NOESY
2323D 15N-SEPARATED NOESY
24215N HMQC-J
15113C CONSTANT-TIME HMQC-J
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
14 MM CHEY U-15N, 13C, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7
23 MM U-15N, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7
33 MM U-10% 13C, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7
42 MM CHEY, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
116 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2 6.7AMBIENT 298 K
216 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2 6.7AMBIENT 298 K
316 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2 6.7AMBIENT 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5GUNTERT, MUMENTHALER, WUTHRICH構造決定
OPAL2.2LUGINBUHL, GUNTERT, BILLETER, WUTHRICH精密化
NMRPipe1.7DELAGLIO, BRZESIEK, VUISTER, ZHU, PFEIFER, BAX解析
XEASY1.3.11BARTELS, XIA, BILLETER, GUNTERT, WUTHRICH解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 972 NON-TRIVIAL NOE RESTRAINTS (213 INTRA RESIDUE, 271 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM-RANGE, AND 250 LONG-RANGE). 78 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 17 CHI1 ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 972 NON-TRIVIAL NOE RESTRAINTS (213 INTRA RESIDUE, 271 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM-RANGE, AND 250 LONG-RANGE). 78 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 17 CHI1 RESTRAINTS WERE USED. 47 HYDROGEN BONDS ( 94 UPPER AND LOWER DISTANCE RESTRAINTS) WERE USED IN LATER STAGES OF REFINEMENT.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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