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- PDB-1di6: 1.45 A CRYSTAL STRUCTURE OF THE MOLYBDENUMM COFACTOR BIOSYNTHESIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1di6
タイトル1.45 A CRYSTAL STRUCTURE OF THE MOLYBDENUMM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN MOGA FROM ESCHERICHIA COLI
要素MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME
キーワードUNKNOWN FUNCTION / MOLYBDENUM COFACTOR / MOCO / MOCO BIOSYNTHESIS / MOGA / GEPHYRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin adenylyltransferase / Molybdopterin adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Liu, M.T.W. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the gephyrin-related molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA from Escherichia coli.
著者: Liu, M.T. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H.
履歴
登録1999年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4884
ポリマ－21,2001
非ポリマー2883
水2,306128
1
A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME
ヘテロ分子

A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME
ヘテロ分子

A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,46512
ポリマ－63,6013
非ポリマー8659
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.3, 65.3, 65.3
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

SO4

21A-328-

HOH

31A-329-

HOH

41A-330-

HOH

51A-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHETIC ENZYME / MOGA


分子量: 21200.273 Da / 分子数: 1 / 変異: N2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PMGA15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28694, UniProt: P0AF03*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 2.0 - 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BICINE pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0-1.1 Msodium citrate1reservoir
20.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 28109 / Num. obs: 28109 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.35 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.45→20 Å / SU B: 1.44 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: PARTIAL STRUCTURE FACTORS FOR BULK SOLVENT SCATTERING WERE CALCULATED IN X-PLOR AND INCORPORATED INTO REFMAC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1409 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all-26654 --
obs-26654 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1377 0 15 128 1520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.105
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.17
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.256
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.154
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.1
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.3
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor17.4
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.755
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.767
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.161
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.638
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.52 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 185 5 %
Rwork0.25 3546 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC, X-PLOR' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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