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- PDB-1di2: CRYSTAL STRUCTURE OF A DSRNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH DSRNA:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1di2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DSRNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH DSRNA: MOLECULAR BASIS OF DOUBLE-STRANDED RNA-PROTEIN INTERACTIONS
要素
  • DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / DOUBLE STRANDED RNA / PROTEIN-RNA INTERACTIONS / RNA-BINING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


siRNA processing / enzyme activator activity / double-stranded RNA binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A / PRKRA, first double-stranded RNA binding domain / PRKRA, second double-stranded RNA binding domain / PRKRA, third double-stranded RNA binding domain / Staufen, C-terminal / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. ...Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A / PRKRA, first double-stranded RNA binding domain / PRKRA, second double-stranded RNA binding domain / PRKRA, third double-stranded RNA binding domain / Staufen, C-terminal / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ryter, J.M. / Schultz, S.C.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Molecular basis of double-stranded RNA-protein interactions: structure of a dsRNA-binding domain complexed with dsRNA.
著者: Ryter, J.M. / Schultz, S.C.
履歴
登録1999年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
G: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
A: DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A
B: DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2086
ポリマ－28,2086
非ポリマー00
水6,467359
1
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
A: DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A
B: DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7944
ポリマ－21,7944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')

E: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4142
ポリマ－6,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
3
G: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')

G: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4142
ポリマ－6,4142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)110.400, 58.500, 58.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.20, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3206.981 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 TRANSCRIPTION OF SYNTHETIC DNA OLIGONUCLEOTIDES
#2: タンパク質 DOUBLE STRANDED RNA BINDING PROTEIN A / XLRBPA


分子量: 7689.862 Da / 分子数: 2 / Fragment: SECOND DSRNA BINDING DOMAIN / Mutation: N112M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91836
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PEG 4000, ETHYLENE GLYCOL, KCL, NACL, MES, DTT, BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCL11
2NACL11
3MES11
4DTT11
5BETA-MERCAPTOETHANOL11
6ETHYLENE GLYCOL11
7PEG 400011
8ETHYLENE GLYCOL12
9PEG 400012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.7 mMXlrbpa-21drop
20.7 mMr(GGCGCGCGCC)1drop
3225 mM1reservoirKCl
450 mM1reservoirNaCl
51 %PEG40001reservoir
612 %ehthylene glycol1reservoir
7100 mMMES1reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir
910 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→99 Å / Num. all: 28729 / Num. obs: 26083 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 1.66 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 50
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 346673.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER AND PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2406 9.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.231 28633 --
obs0.231 24336 85.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.79 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.03 Å20 Å2-1.99 Å2
2--10.7 Å20 Å2
3----3.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 848 0 373 2257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.942.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 241 10 %
Rwork0.327 2177 -
obs--51 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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